Rmarkdown错误:html_preserve指令的嵌套无效

时间:2016-12-29 21:27:55

标签: html r rstudio knitr r-markdown

当我在RStudio中尝试一堆块时,我在RStudio中遇到以下错误:

 |.................................................................| 100%
 ordinary text without R code


 output file: relatorio1.knit.md

 Error in extract(input_str) : Invalid nesting of html_preserve directives
  Calls: <Anonymous> ... <Anonymous> -> base -> extract_preserve_chunks -> extract

我真的无法确定发生了什么,因为调试器没有告诉我什么,代码运行到100%,但它根本不会生成html文件。

我看到这个错误来自htmltools包代码(参见https://github.com/rstudio/htmltools/blob/master/R/tags.R),其中说:

# Sanity check.
 if (any(preserve_level < 0) || tail(preserve_level, 1) != 0) {
stop("Invalid nesting of html_preserve directives")
}

不幸的是我无法提供整个Rmd文件,因为它与工作有关,但欢迎对此问题进行一般性评论。

感谢。

编辑:我试图通过隔离无效的数据表(包DT)来解决问题。我正在使用data.table的fread功能,但我也尝试过readr和base data.table。我还尝试直接从源加载数据(源文件生成数据)。当我尝试编织它时,我仍然得到上述错误。以前从未对这些功能有任何问题。

我尝试以下代码:

---
title: "Title"
output: flexdashboard::flex_dashboard
---
```{r setup}
require(DT)
require(flexdashboard)
require(htmltools)
require(htmlwidgets)
require(readr)
require(data.table)
source("sourcefile.R")
a <- fread("perfectlynormaldata.txt")
b <- a[,1:10]
```

Flexdashboard Storyboard {.storyboard}
=========================================

### Text Text

```{r datatable not running}
datatable(b)
```

编辑2:我可以在用substr限制字符串变量的长度后渲染数据表。我不知道它是否应该发生。

最终编辑:我可以通过删除问题变量中出现的某些字符“\ 032”来解决问题。

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