Question

我正在使用Biopython和Python 3.x从PubMed数据库进行搜索。我正确地得到了搜索结果，但接下来我需要提取搜索结果的所有期刊名称（全名，而不仅仅是缩写）。目前我使用以下代码：

from Bio import Entrez
from Bio import Medline

Entrez.email = "my_email@gmail.com"
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="search_term", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

idlist = record["IdList"]

records = list(records)

for record in records:
    print("source:", record.get("SO", "?"))

所以这很好用，但是record.get（＆＃34; SO＆＃34;），＆＃34;？＆＃34;）只返回日记的缩写（例如， N Engl J Med ，而非 New England Journal of Medicine ）。根据我使用手动PubMed搜索的经验，您可以使用缩写或全名搜索，PubMed将以相同的方式处理这些，所以我想是否还有一些参数来获取全名？

Answer 1

所以这很好用，但是record.get（“SO”），“？”）只返回期刊的缩写

不，不。由于这一行，它甚至不会运行：

records = list(records)

未定义records。即使你解决了这个问题，你只需要从中获取：

idlist = record["IdList"]

是一个数字列表，例如：['17510654', '2246389']，旨在通过Entrez.efetch()调用传回来获取实际数据。因此，当您对其中一个数字字符串执行record.get("SO", "?")时，您的代码会再次爆炸。

首先，"SO"字段缩写被定义为返回期刊标题缩写（TA）作为其返回的一部分。您可能希望"JT"期刊标题改为MEDLINE/PubMed Data Element (Field) Descriptions中定义的。但这些都与查找无关。

以下是对代码的修改，以获取文章标题和日记的标题：

from Bio import Entrez

Entrez.email = "my_email@gmail.com"  # change this to be your email address
handle = Entrez.esearch(db="pubmed", term="cancer AND wombats", retmax=20)
record = Entrez.read(handle)
handle.close()

for identifier in record['IdList']:
    pubmed_entry = Entrez.efetch(db="pubmed", id=identifier, retmode="xml")
    result = Entrez.read(pubmed_entry)
    article = result['PubmedArticle'][0]['MedlineCitation']['Article']

    print('"{}" in "{}"'.format(article['ArticleTitle'], article['Journal']['Title']))

<强>输出

> python3 test.py
"Of wombats and whales: telomere tales in Madrid. Conference on telomeres and telomerase." in "EMBO reports"
"Spontaneous proliferations in Australian marsupials--a survey and review. 1. Macropods, koalas, wombats, possums and gliders." in "Journal of comparative pathology"
>

详细信息可在文档中找到：MEDLINE PubMed XML Element Descriptions

Biopython并检索期刊的全名

1 个答案: