Question

这是一项正在进行的课程作业。自从我上次发布一个问题以来，我想到了一些事情。我正在阅读丢失的生物信息学算法帖子，我想我已经知道我必须做什么。简而言之，我们在文本文件中给出了一个kmers列表，看起来像这样（没有行空间）：

GAGT

AATC

GCTC

我们假设使用Euler算法来构造超弦。我一直在阅读的大部分内容都需要构建deBruijn图以便找到Euler的路径。为此，我决定打开我的kmer文本文件，并使用以下代码创建一个字典：

with open('kmers.txt') as f:
lines=f.read()
spl=lines.split()[1:]
dic=dict((i,x.strip()) for i,x in enumerate(spl))
print (dic)

这很好用（输出）：

{0：'AACA'，1：'AACG'，2：'AAGG'，3：'ACAC'，4：'ACAG'，5：'ACGC'，6：'ACGG'，7：'ACTG '，8：'AGCA'，9：'AGGA'，10：'AGGC'，11：'ATCA'，12：'ATTC'，13：'CAAG'，14：'CACA'，15：'CACG'， 16：'CAGG'，17：'CATC'，18：'CGCG'，19：'CGGT'，20：'CGTA'，21：'CGTG'，22：'CTAA'，23：'CTCT'，24： 'CTGG'，25：'CTTA'，26：'GACT'，27：'GCAT'，28：'GCGT'，29：'GCTC'，30：'GCTT'，31：'GGAC'，32：'GGCA '，33：'GGCT'，34：'GGGT'，35：'GGTG'，36：'GGTT'，37：'GTAT'，38：'GTGC'，39：'GTGG'，40：'GTTT'， 41：'TAAA'，42：'TAAC'，43：'TATT'，44：'TCAA'，45：'TCAC'，46：'TCGT'，47：'TCTA'，48：'TGCT'，49： 'TGGC'，50：'TGGG'，51：'TTAA'，52：'TTCA'，53：'TTCG'，54：'TTTC'，55：'TTTT'}

现在，我正在尝试使用以下代码构建deBruijn图：

with open('kmers.txt') as f:
lines=f.read()
spl=lines.split()[1:]
dic=dict((i,x.strip()) for i,x in enumerate(spl))

fin = dic
edges=list(set(fin))
graph={}

for edge in edges:
frm = edge[:dic(edge)-1]
to = edge[1:]
if frm in graph:
    graph[frm].append(to)
else:
graph[frm]=[to]
for val in graph.value():
val.sort()
for k,v in sorted(graph.items()):
print(k+'->'+','.join(v))

我收到以下错误：

追踪（最近一次通话）：文件“test3.py”，第11行，in frm = edge [：dic（edge）-1] TypeError：'dict'对象不可调用

我试图在星期一上班时间，有些功能。

Answer 1

问题在于您的界限：

edges=list(set(fin))

应该是

edges=list(set(fin.values()))

因为 fin 是字典，所以 edges = list（set（fin））会创建所有键的整数列表 。你的缩进也是错的，但我知道你说你没有太多的编码经验。

将字典代码合并到De Bruijn图形代码中

1 个答案: