Question

我有2个文件：

file1.txt
rs142159069:45000079:TACTTCTTGGACATTTCC:T 45000079
rs111285978:45000103:A:AT 45000103
rs190363568:45000168:C:T 45000168

file2.txt
rs142159069:45000079:TACTTCTTGGACATTTCC:T rs142159069
rs111285978:45000103:A:AT rs111285978
rs190363568:45000168:C:T rs190363568

使用file2.txt，我想用第2列中的条目替换名称（file1.txt的column2，即file2.txt的column1）。输出文件将是：

rs142159069 45000079
rs111285978 45000103
rs190363568 45000168

我尝试输入file2.txt的列但没有成功：

while read -r a b
do
cat file1.txt | sed s'/$a/$b/'
done < file2.txt

我是bash的新手。此外，不知道如何使用我的命令编写输出文件。任何帮助都将深表感谢。

Answer 1

在您的情况下，如果您愿意接受没有awk的答案，则使用perl或sed会更容易：

awk '(NR==FNR){out[$1]=$2;next}{out[$1]=out[$1]" "$2}END{for (i in out){print out[i]} }' file2.txt file1.txt > output.txt

output.txt：

rs142159069 45000079
rs111285978 45000103
rs190363568 45000168

注意：这假设column1中的所有符号都是唯一的，并且它们都存在于两个文件中

说明：

(NR==FNR){out[$1]=$2;next}：在解析第一个文件时，创建一个名称从第一列作为键的地图
{out[$1]=out[$1]" "$2}：追加第二列的值
END{for (i in out){print out[i]} }：打印地图中的所有值

Answer 2

显然$2 file2属于$1 file1的一部分，因此您可以使用awk并重新定义FS：

$ awk -F"[: ]" '{print $1,$NF}' file1
rs142159069 45000079
rs111285978 45000103
rs190363568 45000168

bash：使用同一文件中的2个变量和sed

2 个答案: