Question

我现在一直在网上搜索并尝试了不同的方法来从源代码安装R库（ctsmr），但没有运气。我知道它可以在Linux和Windows上运行，但在我的Mac（OSX v10.12.6）上没有成功使用R v3.3.3。

当我尝试像这样安装时：

install.packages("ctsmr", repo="http://ctsm.info/repo/dev", type="source")

我在安装过程中收到一些警告，但安装完成。

* installing *source* package ‘ctsmr’ ...
** libs
gfortran-4.8 -fopenmp -fPIC -Wall -g -O2  -c  fdf.f90 -o fdf.o
gfortran-4.8: warning: couldn’t understand kern.osversion ‘16.7.0
fdf.f90:19.30:

      INTEGER          I,ISTOP
                              1
Warning: Unused variable 'istop' declared at (1)
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c matutil.f -o matutil.o
gfortran-4.8: warning: couldn’t understand kern.osversion ‘16.7.0
gfortran-4.8   -fPIC  -g -O2  -c opkda1.f -o opkda1.o
...

当我在RStudio中运行一个示例（在包网页上称为“Building 1”的那个，http://ctsm.info）时，我从包中获取了一个函数的错误消息。（此错误消息实际上暂时不显示，因为当我运行该行时RStudio崩溃了）：

fit <- model$estimate(data=X)

Error in dyn.load(x = m$libfile) : 
  unable to load shared object '/var/folders/7g/81dqdb9s4qq2r79ncggcv2l40000gn/T//RtmpNoNnQl/model5a613c359b3f.so':
  dlopen(/var/folders/7g/81dqdb9s4qq2r79ncggcv2l40000gn/T//RtmpNoNnQl/model5a613c359b3f.so, 6): Symbol not found: _GOMP_parallel_end
  Referenced from: /var/folders/7g/81dqdb9s4qq2r79ncggcv2l40000gn/T//RtmpNoNnQl/model5a613c359b3f.so
  Expected in: dynamic lookup

如果我在R应用程序中运行相同的脚本，它看起来有点不同：

fit <- model$estimate(data=X)

*** caught illegal operation ***
address 0x7fffa39b0e97, cause 'illegal opcode'

Trackback:
  1: dyn.load(x = m$libfile)
  2: CallFunction("ctsmdriver", .self, rho, verbose = verbose)
  3: model$estimate(data = X)

所以，我想知道软件包是否安装不正确，或者它们是否是软件包中的错误（可能是因为错误消息中的路径有双斜线）。

如果我手动查找共享对象model5a613c359b3f.so，它实际上存在于我的计算机上。

关于gfortran编译器，我得到以下形式的therminal：

~ $ gfortran --version
GNU Fortran (GCC) 6.3.0
Copyright (C) 2016 Free Software Foundation, Inc.
This is free software; see the source for copying conditions.  There is NO
warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

~ $ gcc --version
Configured with: --prefix=/Applications/Xcode.app/Contents/Developer/usr --with-gxx-include-dir=/usr/include/c++/4.2.1
Apple LLVM version 8.1.0 (clang-802.0.42)
Target: x86_64-apple-darwin16.7.0
Thread model: posix
InstalledDir: /Applications/Xcode.app/Contents/Developer/Toolchains/XcodeDefault.xctoolchain/usr/bin

如果有人能告诉我这是安装错误还是包中的错误，我将不胜感激。其次，提出可能的解决方案。

在OSX中使用gfortran警告安装R软件包

0 个答案: