将ggplot中的点的alpha设置为数字向量

Question

我正在尝试使用ggplot创建NMDS图。除了点（社区/组合）和船体等的标准绘图之外，我还想调整每个点的alpha。

我计算了一个0-1的数值向量（称为＆＃34; Alpha＆＃34;），它反映了与每个点相对应的调查时间，我想用它来修改alpha的值。每一点。到目前为止，我一直在使用以下主题的变体：

 ggplot() +
     geom_point(data = data.scores, aes(x = NMDS1, y = NMDS2, colour =Treatment), size = 3) +
     scale_colour_manual(values = c("Burnt" = "black", "Grazed" = "tan4","Control" = "green4")) +
     scale_alpha_manual(values = Alpha) +
     geom_polygon(data = hull.data, aes( x = NMDS1, y = NMDS2, colour = Treatment),
                  linetype = "dashed", fill = NA) +
     coord_equal() +
     theme_bw() +
     theme(panel.border = element_blank(), panel.grid.major = element_blank(),
           panel.grid.minor = element_blank(), axis.line = element_line(colour = "black"),
           legend.position="top")

这只得到了我所有点的alpha为1，alpha不是1但是设置为相同值（可能是我向量中的第一个值）或错误消息的图。有谁知道我做错了什么？

作为参考我能够相当容易地使用基础R图形创建我想要的东西，但我需要我的情节是ggplot图形：

Answer 1

ggplot()语法期望为图层映射的值在该图层中传递，因此在geom_point()中，而不是通过添加比例。所以现在您没有定义要将alpha刻度应用到哪些图层，因此所有图层都显示为alpha = 1（默认值）。

您可以直接在geom_point()中使用原始矢量。使用mtcars的可重现示例：

library(ggplot2)
set.seed(1)

# sim your Alpha
Alpha <- runif(nrow(mtcars))

ggplot(data = mtcars, aes(mpg, hp)) +
    geom_point(alpha = Alpha)

scale_alpha_manual()不会对此情节产生任何影响，因为您没有使用aes(alpha = ...)映射任何内容。