Question

我有一些bash循环脚本循环文件并用它们做一些事情

for pdb in ${output}/*.pdb ; do
name=$(basename "$pdb")
echo "I am sending ${name} to some place!"
done

现在我想在循环中引入一些过滤器来传递文件，而不在$ name的任何部分中使用一些关键字，从而排除所有具有已定义关键字的文件。

为了实现我想在数组中设置所有关键字

#For a file with that keywords within the name the script should stop and loop another file etc
declare -a keywords=('apo' 'Apo' 'APO' 'sauf');

#workflow for a signle keyword "apo"
 for traj in ${all_trr}/*.xtc; do
 traj_name3=${traj##*/[0-9][0-9]_[0-9][0-9]_[0-9][0-9][0-9][0-9].}
 if [[ "$traj_name" != *apo* ]]
 then
#begins loop from the another file
  echo "I am sending ${traj_name} to analysis"
  #break 
 else
  echo "I am not sending ${traj_name} to analysis"
  continue
 fi
done

所以我需要为数组调整这个工作流程：1）比较每个文件名和数组元素3）只有当它与它不匹配时才将它发送到脚本。例如，我有一个复杂名称的文件，其中关键字出现在不同的部分：

08_29_2017.gromacs_AT1_dry_sauf.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_dry_Apo.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_wat_apo.3rep.step7_1.pdb
08_30_2017.gromacs_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb

所以只有

08_30_2017.gromacs_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb

应传递给

echo "I am sending ${name} to some place!"

同时如果我的文件只有一个关键字，例如apo

08_29_2017.gromacs_AT1_dry_apo.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_dry_apo.1rep.step7_1.pdb
08_29_2017.gromacs_AT1_wat_apo.3rep.step7_1.pdb
08_30_2017.gromacs_AT1_wat_Na.2rep.step7_1.pdb

也只应处理最后一个文件（但该数组应包含许多10-15个关键字，包括'apo'）

Answer 1

我现有的代码中有一些我不理解的东西：

您的模式替换traj_name3=${traj##*/[0-9]...}似乎毫无用处。我错过了什么？我会压制它。
您指定了一个名为traj_name3的变量，但您稍后使用名为traj_name的变量。错字？
您显示*.pdb个文件名示例，但您的代码会查找*.xtc。错字？我将假设它是*.pdb。
您没有为文件名提供清晰的模式。如果任何的关键字与文件名中的任何地方相匹配，我将假设您要跳过文件。

这是固定的，类似下面的内容应该有效：

declare -a keywords=('apo' 'Apo' 'APO' 'sauf');
for traj in ${all_trr}/*.pdb; do
    for keyword in "${keywords[@]}"; do
        if [[ "$traj" == *$keyword* ]]; then
            echo "I am not sending $traj to analysis"
            continue 2 # continue outermost loop
        fi
    done
    echo "I am sending $traj to analysis"
done

在循环文件

1 个答案: