在用户定义的协方差矩阵上应用PCA

Question

我正在尝试对根据所有个体之间的关系估计的协方差矩阵应用主成分分析，请参阅以下示例中的Mm。 如果有人能告诉我怎么做，我将非常感激

示例：

library(BLR)
library (rrBLUP)
data(wheat)

Mm是我想要计算PCA的协方差矩阵

Mm <- A.mat(X)                 

Answer 1

使用您的数据集尝试以下操作。

我不确定这是不是你的意思

pca <- prcomp(Mm, scale=T)

# Check out whats in it
str(pca)

# Prints variance summary for all principal components.
summary(pca) 

# Accesses subset of components.
summary(pca)$importance[, 1:20]

require(GGally)
ggpairs(pca$x[,1:4])