不允许负长度矢量

时间:2017-08-30 14:44:48

标签: r

我对此问题有类似的问题......

Merge error : negative length vectors are not allowed

但是,我将两个文件(每个3列,每行13亿行)合并为一列,并出现类似错误:

Negative length vectors are not allowed.

建议的答案是没有足够的内存,但是,我在具有3TB内存的系统上运行它们(其中告诉我最大值达到了247 GB)。这仍然可能是由于记忆问题,还是还有其他的东西在起作用?是否值得减少这些数据框并将它们合并?

感谢您的任何建议。

祝福, 娜塔莉

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

@lmo @Sagar @MrFlick我正在合并的列中有重复项。每个样本都有多个不同组件的变化,所以看起来像

Sample    Component    Value
a                    x                  -1
a                    y                   1
b                    x                   0 ... 

我在这里添加的生存数据仅仅是指样本,所以我最好还是喜欢

Sample    Component    Value     Survival
a                    x                  -1           0.8
a                    y                   1           0.8
b                    x                   0           0.2

我认为合并会提供这个...我假设这个错了吗?将样本名称使用合并添加生存数据会导致数据条目进一步复制吗?我不确定如何最好地尝试执行此操作。

我将尝试使用缩短的数据文件进行测试以查看它是否有效(a)是否有效以及(b)扩展数据。还有其他建议吗?