如何在一个ggplot2图中实现两个色标

Question

我正在尝试绘制ggplot2图，但使用两个不同的色标，一个用户定义，一个由我的data.frame中的单独列定义。

在示例中更容易显示：

gene   chr     start       end    aceth   acvitd disttss    density       fc     color
1   MAP6D1  chr3 183527379 183528379 1.458988 2.190145 15514.0 0.06652449 1.501140 increased
2  MIR6729  chr1  12111873  12112873 1.581880 2.373651 23159.0 0.06244715 1.500525 increased
3 ATP6V0A4  chr7 138440797 138443072 1.517358 2.276540 41006.5 0.06244715 1.500331 increased
4    PRKCQ chr10   6560041   6562565 2.054282 3.081668 61305.0 0.01572513 1.500119 increased
5   UBE2L6 chr11  57327153  57329079 0.972952 1.458081  7687.0 0.12156697 1.498615 unchanged
6  FAM109B chr22  42469873  42471646 1.150138 1.723444   505.5 0.18451594 1.498468 unchanged

我可以使用以下代码绘制以下图表：

heatmap <-  ggplot(acall, aes(aceth, acvitd,labels=gene, colour = density)) + scale_color_viridis()
heatmap + theme_bw(base_size = 14) # same theme as other graphs
heatmap <- heatmap + geom_point()

在我的data.frame中使用渐变列为我提供了一个很好的渐变填充。

然而，我想用不同颜色标记fc大于或小于截止值的基因，但在这个梯度填充中保留未改变的基因。

我可以做第一部分：

cols <- c("red" = "red", "unchanged" = "darkgrey", "increased" = "#00B2FF", "decreased" = "#00B2FF")

heatmap <-  ggplot(acall, aes(aceth, acvitd,labels=gene, fill = color))
heatmap <- heatmap + scale_y_continuous(trans = "log") + scale_x_continuous(trans = "log")
heatmap <- heatmap + geom_point(size = 2.5, alpha = 1, na.rm = T, shape = 21, colour = "black")+
  scale_fill_manual(values = cols)

这给了我一个很好的情节，一种颜色的“增加”和“减少”基因，而黑暗中“基本不变”。以及一些突出的观点，指的是我之前在“颜色”专栏中命名的特定基因。

我想做的是在“颜色”列中绘制“未更改”的基因（因此第二个图中的灰色点），使用渐变填充，其余部分使用我定义的颜色方案。

由于

Answer 1

由于你没有提供所有数据组合的例子，我在类似的结构中做了一些。

df<-
  data_frame(gene   = sample.int(5000),
             aceth  = rnorm(5000), 
             acvitd = rnorm(5000)) %>% 
    mutate(dens = dnorm(aceth) + dnorm(acvitd),
           chg  = ifelse(density < 0.4 & abs(acvitd) > 2, "changed",   "unchanged"),
           dir  = ifelse(sign(acvitd) == 1,               "increased", "decreased"),
           dir  = replace(dir, gene %in% sample.int(5000, 30), "special annotation"))


 ggplot() + 
   geom_point(data = filter(df, chg == "unchanged"), 
              aes(aceth, acvitd, color = dens)) + 
   geom_point(data = filter(df, chg == "changed"), 
              aes(aceth, acvitd, fill = dir), 
              shape = 22, size = 3) +
   scale_fill_manual(values = c("grey70", "white", "red")) +
   scale_color_viridis() +
   theme_bw()

你可以改变美学以符合你想要的，但这就是我将如何实现这种情节。