将行名称标记为R节中的叶节点树形图名称

Question

我正在尝试使用我的数据集中指定的Rownames来标记我的树状图。

我使用的包：hybridHclust，代码如下。

示例表（DATASET，我希望我使用正确的格式）

  UID Condition1 Condition2 Condition3
1 Gene1 0.46 0.47 -0.02
2 Gene2 0.8 0.93 0.08
3 Gene3 0.45 0.89 1.04

DATASET_1 <- DATASET[,-1] # removes UID column which is not needed
  Gene Condition1 Condition2 Condition3

现在我已经删除了origianl excel表所需的UID列，但没有删除聚类分析：

  Condition1 Condition2 Condition3
1 0.46 0.47 -0.02
2 0.8 0.93 0.08
3 0.45 0.89 1.04

DATASETMatrix <- as.matrix.data.frame(DATASET_2) # converts df to matrix
DATASETMatrix_R <- t(DATASETMatrix) #flips along diagonal for clustering

现在表格是

             v1 v2 v3
Condition1 0.46 0.8 0.45
Condition2 0.47 0.93 0.89
Condition3 -0.02 0.08 1.04

行号指示（1,2,3）在R studio中消失，并替换为列出的条件。

DATASETClust <- as.dendrogram((eisenCluster(DATASETMatrix_R, method = "uncentered.correlation",
                                        compatible = TRUE)), hang = -0.1) #uses uncentered Pearson correlation which is not present in hclust

library(dendextend)
DATASETClust %>% set("labels_cex", 0.25) %>% 
plot(horiz = T) # got his from somewhere online

当我运行这个时，我得到行号作为我的树形图上的标签，但我需要行名称（Conition1，Condition2，Condition3），它们需要对应于它们各自的数据（不应该只是按数字顺序）。这可能不是那么糟糕，但我的实际数据集有超过400个条件进行比较，每个条件超过4000个变量，并且列表将继续增长，因此手动输入名称是不可行的。

谢谢大家，我欢迎在发布到此网站时反馈任何格式问题。

Answer 1

您可以使用 dendextend 包更改 DATASETClust （类树形图的对象）的标签（名称）。

查看使用示例here