为我的Rcpp包添加依赖项

Question

Rcpp初学者的问题：

我想提高我在R中的执行效率。所以我在cpp中编写了一些代码并使用Rcpp来帮助我编译它们。

问题是我在.cpp文件中使用了一些其他R包，我希望在用户安装我的包时自动安装和导入这些包。

e.g。如果我在我的文件中使用R包'gtools'，我不想要错误：

* installing to library 'C:/Program Files/R/R-3.4.1/library'
* installing *source* package 'pkgname' ...
make: Nothing to be done for `all`.
** libs
installing to C:/Program Files/R/R-3.4.1/library/pkgname/libs/i386
** R
** preparing package for lazy loading
Error in library(gtools) : there is no package called 'gtools'
Error : unable to load R code in package 'pkgname'
ERROR: lazy loading failed for package 'pkgname'
* removing 'C:/Program Files/R/R-3.4.1/library/pkgname'

Exited with status 1.

我尝试将依赖的包名称添加到 DESCRIPTION 文件中。即。

Imports: Rcpp (>= 0.12.12),gtools
LinkingTo: Rcpp, gtools

但它给了我以下错误：

ERROR: dependency 'gtools' is not available for package 'pkgname'

我没有找到任何类似的问题，请告诉我是否有。

Answer 1

首先，您应该确保在系统上安装了gtools 。我这样说是因为以下错误：

  

库中的错误（gtools）：没有名为'gtools'的包

说到这里，您遇到的主要问题是LinkingTo:文件中Imports:和DESCRIPTION字段之间的不确定性。 Section 1.1.3: Package Dependencies Writing R Extensions BH中介绍了这一点。

具体来说，我们有：

  

‘Imports’字段列出从其导入名称空间的包（如NAMESPACE文件中所指定）但不需要附加的包。 ‘::’和‘:::’运算符访问的命名空间必须在此处列出，或在‘Suggests’或‘Enhances’中列出（见下文）。理想情况下，此字段将包含所有使用的标准包，并且包含使用S4的包很重要（因为它们的类定义可以更改，并且DESCRIPTION文件用于决定在此时重新安装哪些包发生）。在‘Depends’字段中声明的包不应位于‘Imports’字段中。可以指定版本要求，并在加载命名空间时检查（因为R＆gt; = 3.0.0）。

LinkingTo字段：

  

希望在其他包中使用头文件的包需要   将它们声明为逗号分隔的列表，在字段‘LinkingTo’中   DESCRIPTION个文件。例如

LinkingTo: link1, link2

     

‘LinkingTo’字段可以具有在安装时检查的版本要求。

     

如果包含源代码或静态链接的C ++标题在安装时完成，则在'LinkingTo'中指定一个包就足够了：这些包不需要（通常不应该）列在'Depends'或{{ 1}}字段。这包括CRAN包RcppArmadillo以及RcppEigen和Linking to native routines in other packages的几乎所有用户。

     

‘Imports’的另一种用途，请参见native methods。

因此， ‘LinkingTo’ 旨在指定包含您要导入的 R 函数的包。特别是，必须在Imports:文件中指定给定包的功能或整个包本身。对于使用 Rcpp 的软件包，如果作者已从C ++导出例程，通常可以期望 R 函数可用。

现在，关于 NAMESPACE ，这有点具体。如果作者希望通过头文件提供 C ++ API，则必须在Writing R Extensions的 Section 5.8: Linking to other packages 中明确声明这些语句。通常，以这种方式进行的包是“仅标题”。这些包将标题定义放在LinkingTo:下，例如

inst/include

然而，另一个趋势是允许“非标头”包。由于您必须了解共享对象和动态库，因此这会导致更复杂的主题。 CRAN概述<{3}} Writing R Extensions

中如何“链接”软件包

如果作者不提供C ++ API，则有四个选项：

1. 要求作者很好地支持调用 C ++ API或提交一个能够访问 C ++ API的补丁。
2. Call an R function from C++。 （但是，这可以抵消在 C ++ 中编写代码所带来的任何性能提升。）
3. 在尊重其知识产权的同时，从作者的包中复制实现。
4. 从头开始实施所需的功能以避免许可问题。

不幸的是，|- pkgname |- inst/ |- include/ |- pkgname.h |- R/ |- man/ |- DESCRIPTION |- NAMESPACE 就属于这种情况。作为作者do not provide a means to "link" to the C++ version of package's code。