生物测定剂量响应拟合异方差数据

时间:2017-08-08 19:30:13

标签: r curve-fitting variance poisson drc

我使用let button: DebugElement = fixture.debugElement.query(By.css('.tl-slidenav-next .tl-slidenav-content-container')); button.triggerEventHandler('click', null); // where null is the event being passed if it's used in the listener 中的function rot13(str) { var letters = ["A", "B", "C", "D", "E", "F", "G", "H", "I", "J", "K", "L", "M", "N", "O", "P", "Q", "R", "S", "T", "U", "V", "W", "X", "Y", "Z"]; var word = ""; var z = 30; for (i = 0; i < str.length; i++) { if (str.substring(i, i + 1) === " ") { word = word + str.substring(i, i + 1); } for (x = 0; x < letters.length; x++) { if (str.substring(i, i + 1) === letters[x]) { z = x; //18 } } var n = z + 13; //31 if (n >= 26) { word = word + letters[13 - (26 - z)]; } else if (n < 26) word = word + letters[13 + z]; } return word; } rot13("LBH QVQ VG!");包来拟合生物测定的剂量反应曲线(4-参数逻辑:LL.4)。我收集的数据通常是异方差的(下面的示例图片)。我正在寻找解决这个问题的方法来调用drm。我发现了三种看似有希望的可能性:

  1. 使用type =&#34; Poisson&#34; drm的参数。然而,对于许多测定而言,过度分散和分散不足是可能的,因此这不是一般解决方案
  2. 关注drm并致电drc.boxcox。这似乎更为通用,可以奏效。
  3. 使用&#34; varPower&#34;在注释掉之前在drc.multdrc和drc.drm中实现的转换(在drm source中搜索&#34; varPower&#34;)。我可以取消注释这些部分以恢复varPower功能。
  4. 我的问题是,最常用的处理方法是什么?此外,是否有人知道为什么drc方差处理已从R包中移除?

    示例代码:

    varPower

    示例数据:

    enter image description here

1 个答案:

答案 0 :(得分:0)

我在paper by the authors of the drc package中找到了这个问题的答案。在论文中他们评论道:

  

权重可用于解决方差异质性   响应。但是,转换双方的方法应该是   优于使用通常非常不精确确定的重量

&#34;转换双方&#34;方法是指使用drc.boxcox函数(原始问题中的代码)。

与drc软件包的一位作者进行了个人交流,提供了进一步的建议。他建议目前,medrc R包更适合于R中的剂量反应分析。