Question

我有一个通过condas安装R的环境（我目前使用R和jupyter笔记本，所以这在某一点上是有意义的）。我想在这个版本的R中使用dada2。

根据此网站https://anaconda.org/bioconda/bioconductor-dada2，实现此目的的正确命令是

 conda install -c bioconda bioconductor-dada2

给了我以下错误

获取包元数据............. 解决包装规格：。

不满意错误：发现以下规格冲突： - bioconductor-dada2 - ＆gt; bioconductor-biostrings＆gt; = 2.32.1 - ＆gt; bioconductor-biocgenerics＆gt; = 0.15.6 - ＆gt; r 3.3.1 * - ＆gt; r-base 3.3.1 - r-glue使用“conda info”查看每个包的依赖关系。

如果我运行conda info package r-glue，我可以看到它取决于r-base 3.4.1。

替代方法也不起作用：

我也试过进入R并从那里安装，但我无法使用R软件包安装任何软件包

 source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
 biocLite("dada2")

给了我一个非常长的输出，但缺点是一堆依赖项返回错误

错误：包'RcppParallel'的编译失败 *删除'/ home / jacob / anaconda3 / lib / R / library / RcppParallel'错误：依赖'S4Vectors'不适用于'IRanges'包 *删除'/ home / jacob / anaconda3 / lib / R / library / IRanges'ERROR：依赖'S4Vectors'，'IRanges'，'matrixStats'不可用包'DelayedArray'

然后更多的东西，最后

错误：依赖项'Biostrings'，'ShortRead'，'RcppParallel'不适用于'dada2'包 *删除'/ home / jacob / anaconda3 / lib / R / library / dada2'

下载的源包在 '/ tmp / Rtmptx8OqE / downloaded_packages'更新包的HTML索引在'.Library'制作'packages.html'...完成旧包装：'curl'， 'dplyr'，'外国'，'避风港'，'httpuv'，'mgcv'，'purrr'，'Rcpp'， 'TTR'，'xts'更新全部/部分/无？ [A / S / N]：

然后所有更新都失败了。

正确的答案是不尝试在R中使用带有condas的dada2，而只是使用一个condas独立版本的R，或者是否有某种方式我缺少？

我在ubuntu linux 16.04和conda 3.2.23上运行R版本3.4.1，这是值得的。

Answer 1

我也在这个问题上苦苦挣扎。在参与github问题中的一些讨论之后，我了解到您的频道顺序实际上需要与bioconductor频道文档建议的顺序不同。使之成为我要安装dada2的环境中的.condarc可以解决此问题。

.condarc

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults

万一它对任何人都有帮助，可以在这里查看：https://github.com/abalter/dada2-tools

Answer 2

我发现我的R版本降级到3.3.1似乎解决了这个问题。为此，我首先删除了R

 conda remove r

选中以确保使用conda list

然后我重新安装了旧版本的r conda install r == 3.3.1

其次是dada2

 conda install -c bioconda bioconductor-dada2

哪个有效。最后我添加了r-essentials（我需要特别让jupyter笔记本工作）

 conda install -c bioconda bioconductor-dada2

有了它，一切似乎都按预期工作。

将dada2安装到通过condas

2 个答案: