Question

在我的工作中，每天都会重新实例化访问我们集群的边缘节点服务器。这意味着我必须每天早上克隆我们的repo并安装一堆R包。我写了一个bash脚本（使用https://github.com/eddelbuettel/littler从命令行打开R）来自动执行此操作，除了一个打嗝之外它还能正常工作。

Bash电话： r install.R

打开R会话并调用以下命令：

repos <- "http://... [our CRAN equivalent]"
install.packages("[package_name]",repos)

现在，通常情况下，如果我自己在R中输入此内容，我会将此作为回复：

Installing package into ‘/usr/hdp/2.5.5.3-2/spark2/R/lib’ (as ‘lib’ is unspecified)
Warning in install.packages("[name_of_package]", repos = "http://...") :

'lib = "/usr/hdp/2.5.5.3-2/spark2/R/lib"' is not writable
Would you like to use a personal library instead?  (y/n)

我会说＆＃39; y，＆＃39;接着是另一个＆＃39; y＆＃39;当它建议创建一个库。但是，当我从bash脚本执行此操作时，它只是说库不可写并中止。

我在这里看到两个选项： 1）我告诉它编写软件包的库。我已经尝试过了，虽然软件包确实在那里，但它们是空的。实际上没有从回购中下载任何内容。

2）以某种方式让脚本能够管理我需要的两个肯定响应，以便让R做它自己的事情并创建自己的库。

对这些建议中的任何建议都会非常感激！

Answer 1

这有多种解决方案。我将展示两种类似的解决方案。

互动脚本：

#!/bin/bash
# test.sh

printf "Response 1: "
read resp1
echo "You inserted $resp1"
printf "Response 2: "
read resp2
echo "You inserted $resp2"

要将两个条目输入此脚本，我们可以使用here string：

$ ./test.sh <<< $'yes\nno\n'
Response 1: You inserted yes
Response 2: You inserted no

每个条目由\ n字符与其他条目分隔。此字符串将发送到脚本的标准输入。

或者，您也可以将字符串传递给脚本stdin stream：

$ printf 'yes\nno\n' | ./test.sh
Response 1: You inserted yes
Response 2: You inserted no

Answer 2

两个选项：

yes | r install.R

或：

{ echo y; echo y; } | r install.R

Answer 3

注意：这在技术上有效，但非常笨拙且容易出错。请看我的其他答案。

我想出了办法。

首先，创建或修改.Rprofile。在该文件的顶部添加安装和响应。例如：

repos = [CRAN or wherever you're sourcing from]
install.packages(package1, repos)
y
y
install.packages(package2, repos)
install.packages(package3, repos)
... # etc.

当R询问您是否要创建新库时，只有第一个包需要“＃”。随后的软件包也将被丢弃。

如果您真的希望它是免提的，并且脚本在安装R软件包后执行其他操作，您可以在末尾添加quit()语句，该语句将退出R并执行您想要的任何其他操作脚本要做。当你想稍后启动R时，这可能会很烦人，所以你希望脚本能够传递几个不同的.Rprofiles。

在bash脚本中

第二，，只需使用R打开R. .Rprofile将在启动时立即运行，包将自动下载。

Answer 4

一种比我最初发布的更好的方法：

在bash：

创建一个特定的安装库（与默认的R想要创建的相同）

mkdir -p R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3
Rscript --vanilla install_packages.R

在install_packages.R中：

pkg_list <- # however you want to get this

for (pkg in pkg_list) {  
  install.packages(pkg, repos = "your_cran_mirror", 
                   lib = "R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.3") 
  if (!require(pkg, character.only = T)) {
    quit(save = "no", status = 1, runLast = FALSE)  
  }
}

使用此方法，R不会提示您，您的脚本将按预期运行。

使用bash脚本安装R包 - 响应提示

4 个答案: