仅将hclust绘制到切割的簇中，而不是每个叶子

Question

我有一棵近2000个样本的hclust树。我已将它切割成适当数量的簇并且想要绘制树形图但是在我切割簇的高度处结束而不是一直到每个单独的叶子。每个绘图指南都是关于通过聚类或绘制一个框来着色所有叶子，但似乎没有任何东西只是将叶子完全留在切割线下方。

我的完整树状图如下所示：

我想把它描绘成好像它停在我在这里绘制了abline的地方（例如）：

Answer 1

这应该让你开始。我建议阅读“树形图”的帮助页面

以下是帮助页面中的示例：

hc <- hclust(dist(USArrests))
dend1 <- as.dendrogram(hc)
plot(dend1)
dend2 <- cut(dend1, h = 100)
plot(dend2$upper)
plot(dend2$upper, nodePar = list(pch = c(1,7), col = 2:1))

通过在树形图对象（而不是hclust对象）上执行剪切，您可以绘制树形图的上半部分。根据您的分析，更换branch1,2,3和4标签需要一些工作。

祝你好运。