如何在r

Question

好的，所以我确定以前曾经问过这个问题，但经过几个小时的搜索，我无法在任何地方找到好的答案。

我有一些数据，我运行分类然后我做了一个树形图。

问题与美学有关，特别是; （1）如何根据组的数量进行切割（在本例中我想要3），（2）使组标签与树枝对齐，（2）重新缩放以使其不存在各组之间存在巨大差距

更多关于（3）。我有非常丰富的物种数据集，有1000个没有切割的群体。如果我在3处切割，那么树右边有一些树枝，而且有一英里的距离。在右边，我想重新缩放，以便更接近。所有这一切都可以通过外部程序实现，但我想在r！

中完成所有这些工作

1. 如果您可以将平均轮廓宽度图嵌套在此图的右上角
，则为点数

以下是使用虹膜数据的示例

library(ggplot2)
data(iris)
df = data.frame(iris)
df$Species = NULL

ED10 = vegdist(df,method="euclidean")
EucWard_10 = hclust(ED10,method="ward.D2")
hcd_ward10 = as.dendrogram(EucWard_10)

plot(hcd_ward10)
plot(cut(hcd_ward10, h = 10)$upper, main = "Upper tree of cut at h=75")

Answer 1

我怀疑你想要看的是dendextend R包（它还有bioinformatics中的论文。）

我对（3）的问题不完全确定，因为我不确定我知道重新缩放是什么意思。我可以告诉你的是，你可以做很多dendextend。这是一个为3组分支和标签着色的快速示例。

library(ggplot2)
library(vegan)
data(iris)
df = data.frame(iris)
df$Species = NULL

library(vegan)
ED10 = vegdist(df,method="euclidean")
EucWard_10 = hclust(ED10,method="ward.D2")
hcd_ward10 = as.dendrogram(EucWard_10)

plot(hcd_ward10)

install.packages("dendextend")
library(dendextend)
dend <- hcd_ward10
dend <- color_branches(dend, k = 3)
dend <- color_labels(dend, k = 3)
plot(dend)

您还可以使用plotly获取交互式树形图（ggplot方法可通过dendextend获得）：

library(plotly)
library(ggplot2)
p <- ggplot(dend)
ggplotly(p)