为ERGM模型R释放RAM

时间:2017-08-02 18:36:13

标签: r rstudio igraph sna network-analysis

我试图通过R中的ergm函数运行大量数据。大的,我的意思是我的网络图形对象有4,300个顶点和大约470,000个总边。协变量X,Y和Z都是分类数据类型。当我运行这个脚本时,R studio最终会崩溃,因为该模型无法处理大量的信息。我知道将使用nodemix函数生成的组合数量;但是,鉴于研究的性质,我的分析要求我使用这个特定的功能。我还应该提一下,我已经尽可能地减少了我的数据,以便考虑它的大小。

我想知道是否有办法通过-Inf修改幕后的ergm函数来删除任何系数。我可能错了,但我觉得我的nodemix组合中的大多数都会有-Inf系数;因此,我可以删除这些不必要的组合并释放一些RAM空间,以使函数完全运行。我不关心任何有-Inf的组合。希望这个问题有道理。如果您需要任何其他信息,请告诉我。在此先感谢您的帮助。

    ergm_control <- control.ergm(drop= TRUE, MPLE.max.dyad.types=500000)
    ergm.factor.model <- ergm(sna.network ~ edges + 
                               nodemix('Covariate_X', base=1) +
                               nodemix('Covariate_Y', base=1) +
                               nodemix('Covariate_Z', base=1),
                               control=ergm_control)

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