Question

我正在编写一个bash脚本，它将为我执行多个脚本，而不必在两者之间停止更改目录。我已经弄清楚如何在不同的目录中调用脚本，但我遇到一个问题，其中一个脚本（a.py）内部调用另一个脚本（b.py）。

通常，a.py和b.py都在同一个文件夹中，只需运行：

python a.py

这可以正常工作，因为a.py执行并在其自己的目录中找到b.py并且输出有效。但是当我执行bash脚本时它不起作用。编辑：这是到目前为止的完整脚本：

#! /usr/bin/bash -x
mkdir $2
python ..\\get_coordinates.py

cd $2
python ..\\get_filenames.py
var1=$(find *.fa)

python ..\\a.py $var1 # Does something to files in var

我在cmd中运行的是：

>my_script.sh "coord1,coord2,coord3..." folderA

一切正常，直到调用似乎找不到b.py的a.py. 我不确定为什么它与a.py无法找到b.py？

编辑：这是我到达a.py后得到的错误。

python: can't open file 'b.py': [Errno 2] No such file or directory
Count not run command:
python b.py --output name.fasta name.fa
find: ‘*.fasta’: No such file or directory

Answer 1

这是您的PYTHONPATH环境变量

CD NewDir
PYTHONPATH=/dir/of/second_script;/dir/of/first_script python /dir/of/first_script/first.py

Answer 2

问题出在PYTHONPATH上。你可以做的是将这些行添加到a.py文件（在文件的开头）

import os
import sys
runnig_dir = os.path.dirname(os.path.abspath(__file__))
sys.path.insert(0, runnig_dir)

这会将a.py的目录添加到PYTHONPATH，然后从任何地方运行b.py都可以正常工作。

Answer 3

好的，我错过了一些非常明显的东西。由于我在创建主脚本（a.py和b.py）方面有所帮助，我意识到b.py中有一个参数解析器允许我包含一个调用b.py的参数

所以在我的bash脚本中，我将行改为：

python ..\\a.py -p ..\\b.py $var

现在它有效。但是，如果任何人仍然可以帮助我找到一种方法来调用b.py，如果没有使用argumentparser，那也会有所帮助！

Bash脚本，从内部调用另一个脚本的不同目录运行脚本？

3 个答案: