Question

我正在尝试向PBS提交python作业并将打印内容作为输出。一个简单的例子如下：

python文件test.py:

import time
print(time.time())

pbs提交文件job_test.pbs：

#!/bin/bash
#PBS -l nodes=2:ppn=8,walltime=8:00:00
#PBS -N test
#PBS -q gpu

module load anaconda/3 torque cuda80 cudnn

cd /path-to-the-test.py-program
python test.py

最后是qsub命令：

qsub job_test.pbs

由于工作非常简单，我会立即看到状态从Q到E再到C，使用qstat。然后问题是我没有看到输出文件应该在/path-to-the-test.py-program中。我尝试在PBS脚本中设置 #PBS -o /path-to-the-test.py-program/output.txt 并使用命令 qsub -o / path- to-the-test.py-program / output.txt job_test.pbs 但它们都不起作用。那我怎么能这样做呢？

Answer 1

我之前遇到过这个问题。

我不太确定您是如何解决此问题的，但是在这里，我的情况是节点之间没有免密码登录。

您可以这样检查：

ssh到您的计算节点，如果您需要密码，那么造成问题的原因很可能与我的相同。
通常在root处检查系统日志（为/var/log/messages），并找到类似

Apr 10 14:52:19 node1 pbs_mom: LOG_ERROR::sys_copy, command '/usr/bin/scp -rpB /var/spool/torque/spool/242.master.OU user@master:/home/user/path/to/sample.pbs.o242' failed with status=1, giving up after 4 attempts

关键是scp的失败。

检查/var/spool/torque/spool/ ---输出文件应该在那里。

因此，如果您的情况与我的情况完全一样，则可以ssh-copy-id进入计算节点。就我而言，由于我们的目录/home装有NFS驱动程序，因此所有节点共享相同的/home，我只需要

ssh-keygen
ssh-copy-id -i ~/.ssh/id_rsa localhost

希望我的回答有帮助。

PBS上的qsub没有输出

1 个答案: