我有一个数据文件,其中包含几个原子的XYZ坐标。
我需要使分子取向使得两个硫原子停留在x轴上。
我知道我需要做的数学背后的数学,我只是不确定如何将它应用于python中的数组。
我要做的是以3维旋转矢量。我有所有的xyz坐标,我将首先手动调整坐标,以便我的一个硫磺停留在原点(0,0,0)。从那里我需要应用trig函数来旋转原子,使整个分子“平放”。我的意思是这样我的分子中的两个硫磺都停留在x轴上。
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如果你有一个数组x并想要将函数f应用于每个数组的结果数组,那么就可以这样做:
[f(e) for e in x]