Question

我正在Rstudio中编写一个R脚本，查看单个单元格数据并生成各种图形。我使用的包是ggplot2。当未加载Seurat库时，它会生成这样的漂亮图形输出：Pure ggplot2 graph

然后，当导入Seurat库时，图形将恢复为丑陋：Seurat Interfered Plot 以下是Seurat带入的进口清单：

进口：方法，ROCR，stringr，mixtools，lars，fastICA，tsne，Rtsne， fpc，ape，VGAM，pbapply，igraph，FNN，插入符号，plyr，dplyr， RColorBrewer，MASS，Matrix，irlba，reshape2，gridExtra，gplots， gdata，Rcpp，RcppEigen，RcppProgress，tclust，ranger

关于如何在不输出图形输出的情况下同时存在两个库的任何想法？

解决方案： - 尝试＆＃34;分离（＆＃34;包：Seurat＆＃34;，卸载= TRUE）＆＃34; //在关闭并重新加载RStudio时没有恢复绘图并且不允许上游代码块提供ggplot2正常图形。

感谢。

Answer 1

有一条评论要求我发布修复程序作为答案，所以我做了一些挖掘工作。调用library(package)后发生意外行为，这是因为该程序包具有一个名为.onLoad或.onAttach的函数。这些会在加载或附加软件包时自动运行，通常用于设置选项，打印有用的消息等。最佳实践表明，您应该使用补充功能.onUnload撤消任何操作。参见：https://r-pkgs.org/r.html#when-you-do-need-side-effects

有时，包装确实需要副作用。这是最常见的您的包裹与外部系统对话-您可能需要做一些程序包加载时的初始设置。 ...如果您使用.onLoad（），考虑使用.onUnload（）清除任何副作用。通过按照惯例，.onLoad（）和朋友通常保存在一个名为 zzz.R。

因此，我去Github仓库中寻找软件包Seurat，但没有看到任何与ggplot2相关的选项（https://github.com/satijalab/seurat/blob/master/R/zzz.R）。接下来是检查软件包的DESCRIPTION，该软件包向我显示了Seurat使用的已加载软件包。这是一个很长的列表，但是我发现那里有一个比较常见的自定义图形包cowplot。如果您随后转到该存储库（https://github.com/wilkelab/cowplot/blob/master/R/setup.R）：

.onAttach <- function(libname, pkgname) {
  # switch the default theme to theme_cowplot
  # ggplot2::theme_set(theme_cowplot())
  packageStartupMessage("\n********************************************************")
  packageStartupMessage("Note: As of version 1.0.0, cowplot does not change the")
  packageStartupMessage("  default ggplot2 theme anymore. To recover the previous")
  packageStartupMessage("  behavior, execute:\n  theme_set(theme_cowplot())")
  packageStartupMessage("********************************************************\n")
}

从这些消息中，您可以看到它曾经用于加载cowplot更改了ggplot2的默认主题的情况。出于好奇，我查看了提交，以查看此更改何时在源上发生（尽管不是在将其推送到CRAN时发生）：

https://github.com/wilkelab/cowplot/commit/158ccdfa45d6c3e99c8568afaa73f7d68cd6c9c2#diff-c9a33000e506e95bca8089aa91efd8b2

clauswilke于2018年3月29日承诺

因此，大约一年前，这个问题不再可重复。但是，当发生意外行为时，这种搜寻过程可能仍对将来的读者有用。

TL; DR：

ggplot2特定的修复：原始默认主题为theme_gray()，因此，如果您无法隔离影响您的软件包，则始终可以将其手动添加到受影响的图中以恢复以前的行为。代码。

R包，Seurat，干扰ggplot2 / plotly输出

1 个答案:

TL; DR：