最近,我尝试通过Rstudio和包ggplot2
来创建交互式pca
图(关于一些基因表达数据),使用ggplotly
函数作为最终函数(来自R包ggplotly
)。详细地说,我的部分代码:
mat <- exprs(eset.4) # one expression set for input pca <- prcomp(t(mat), scale=TRUE)
pcvar = pcasdev2/sum(pcasdev2/sum(pcasdev^2)*100
tot <- cbind(pca$x,phenotype_dat) # which renders the variables info
p <- ggplot(tot, aes(PC1,PC2, colour=Disease,shape=Study) p <- p + geom_point(size=3) + xlab(paste0("PC1: ",round(pcvar1,2),"% variance")) + ylab(paste0("PC2: ",round(pcvar[2],2),"% variance"))
ggplotly(p)
唯一的问题是输出图像中的图例标签不清晰且分离得很好(例如我希望每个标题标签(即疾病)与其子类别级别一起使用,例如Cancer-Normal )!!有没有办法通过ggplotly
?