Question

我正在运行一些STRUCTURE分析，并使用此命令设置k = {1..10}（每个K只运行1次）：

for k in seq 10
do
    python /home/ubuntu/bin/fastStructure/structure.py -K $k --input=../file.snps --output=snpl525D --format=str
done

而不是每个K运行1次，现在我想为每个K运行15次。你能帮我修改上面的代码来完成这项工作吗？感谢

Answer 1

您可以使用其他seq来电：

for k in $(seq 10); do
    for run in $(seq 15); do
        python /home/ubuntu/bin/fastStructure/structure.py -K $k --input=../file.snps --output=snpl525D --format=str
    done
done

Answer 2

这应该做你需要的。这里，在原始循环中添加了另一个for循环。

for k in $(seq 10)
do
    # iterate 15 times for each k
    for n in $(seq 15)
    do
        python /home/ubuntu/bin/fastStructure/structure.py -K $k --input=../file.snps --output=snpl525D --format=str
    done
done

您可以使用for n in $(seq 15)，而不是for n in {1..15}，而不是for k in $(seq 10)。他们会给出相同的结果。这类似于您现有的循环for k in {1..10}，也可能是python -m pip install --upgrade -vv setuptools

如何为每个k值运行STRUCTURE命令n次？

2 个答案: