Question

我正在尝试使用http://christophergandrud.github.io/networkD3/#sankey中所述的networkD3包在R中创建交互式Sankey图表。我的数据采用离散状态序列（DSS）的格式。 1行表示1个事件序列。 NA表示序列已结束。在R中重新创建数据样本：

x1 <- c('06002100', '06002001', '06001304', '06002100')
x2 <- c('06002100', '06002001', 'NA', 'NA')
x3 <- c('06001304', '06002100', '06002001', 'NA')
test <- as.data.frame(rbind(x1,x2,x3))

networkd3包需要json格式的数据，如下所示：

URL <- paste0("https://cdn.rawgit.com/christophergandrud/networkD3/","master/JSONdata/energy.json")

以所需格式投射上面的示例数据会给我（test.json）：

{"nodes":[
{"name":"06002100"},
{"name":"06002001"},
{"name":"06001304"}
],
"links":[
{"source":0,"target":1,"value":3},
{"source":1,"target":2,"value":1},
{"source":2,"target":0,"value":2}
]}

一旦数据采用上述格式，我可以使用以下代码绘制sankey网络。

library(networkD3) 
library(jsonlite) 
Energy <- fromJSON(txt = 'test.json') # Load the data 
result <- as.data.frame(Energy) 
sankeyNetwork(Links = Energy$links, Nodes = Energy$nodes, Source = "source", Target = "target", Value = "value", NodeID = "name", fontSize = 12, nodeWidth = 30)

我想将我拥有的DSS数据转换为networkD3所需的格式。有直接的方法吗？

networkD3示例页面提到我可以使用igraph包来创建可以使用networkD3绘制的网络图数据。不幸的是，我找不到好的例子。

Answer 1

sankeyNetwork()最终需要的是Links和Nodes数据框。假设在DSS数据中，每个并排的节点对定义了从左到右的链接，那么数据框的每对连续列看起来都像Links数据框的一部分source和target列。

首先，我修复了你的代码，使它真正的NA不是“NA”字符串...

x1 <- c('06002100', '06002001', '06002425', '06009347', '06010001', '06010383', '06009348')
x2 <- c('06002100', '06040401', '06009347', '06039301', NA, NA, NA)
x3 <- c('06001304', '06002001', '06009346', '06002425', '06003303', NA, NA)
x4 <- c('06002100', '06040401', '06009347', '06039301', '06039302', '06032301', '06032301')
test <- as.data.frame(rbind(x1,x2,x3,x4))

为数据框中的每组连续列提取数据框，将它们绑定到一个长Links数据框中，并省略具有NA的行......

linklist <- lapply(1:(ncol(test) - 1), function(x) data.frame(source = test[[x]], target = test[[x+1]], stringsAsFactors = F))
links <- na.omit(do.call(rbind, linklist))

创建所有唯一节点名称的向量并从中生成Nodes数据帧，根据Links数据框中的零索引名称构建Nodes数据帧，然后绘制它......

node_names <- factor(sort(unique(c(as.character(links$source), 
                                   as.character(links$target)))))
nodes <- data.frame(name = node_names)
links <- data.frame(source = match(links$source, node_names) - 1, 
                    target = match(links$target, node_names) - 1,
                    value = 1)

library(networkD3)
sankeyNetwork(links, nodes, "source", "target", "value", "name")

使用networkd3 {R}中的离散状态序列的Sankey图

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