Question

我想编写我的R-markdown的输出，其中包括几个SQL-chunk。但是，如果我开始编织，我会收到错误：

Line 65     Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'pp_dataset' not found Calls: <Anonymous> ... process_group.block -> call_block -> eval_lang -> eval Execution halted

我不知道发生了什么，因为如果我只是运行这个块（从第64行开始），那么它可以正常工作。

从第64行开始的块看起来如下：

```{sql, connection=con, output.var=pp_dataset, error=TRUE, echo=FALSE, include=TRUE}
SELECT
(...)
order by 1,2
```

我尝试了几个编织选项，例如error = TRUE / FALSE，echo = TRUE / FALSE和include = TRUE / FALSE但是这不起作用。谁知道什么是错的？

Answer 1

看起来您需要在rchunk选项中引用数据集名称：

```{sql, connection=con, output.var="pp_dataset", error=TRUE, echo=FALSE, 
include=TRUE}
SELECT
(...)
order by 1,2
```

来源：http://rmarkdown.rstudio.com/authoring_knitr_engines.html#sql 我也回答了post中的问题。我不确定协议是否相同。

Answer 2

在呈现文档时，Rmarkdown无法访问您的全局环境。因此，您应该确保您要使用的所有变量都在Rmarkdown文档中定义，例如在最初的一块：

```{r setup, include=FALSE, warning=FALSE, message=FALSE}
(...)
```

或者您应该输入

render("yourfile.Rmd")

而不是按下编织按钮。在这种情况下，文档可以访问您的全局环境变量。在这种情况下，我猜'con'连接在您的全局环境中，而在渲染时找不到。希望这有帮助！

编辑：我能够使用您的示例代码重现错误：

如果没有首先初始化SQL语句的输出变量，我就无法运行您的代码。在您的top-chunck中（例如，在setwd(mydirectory)行下方，请尝试：

pp_dataset <- NULL

希望这也能为您解决问题。

R：Knitr为SQL-chunk

2 个答案: