我希望这并不像感觉那么简单。我有一个基本目录设置：
root --> Paper
--> Code
我正在写一篇论文。我想从Paper目录中的knitr文档调用Code目录中的Python脚本（类似this，但使用Python而不是R）。所以它会是这样的：
Python脚本testit.py
## @knitr testit
import os
print os.getcwd()
knitr document test.Rnw保存在Code目录中：
\documentclass{article}
\begin{document}
<<setup,echo=FALSE>>=
read_chunk("testit.py")
@
<<testit,engine='python'>>=
@
\end{document}
当我编译成PDF时，答案是正确的：
## /Users/blah/foo/bar/Code
但是文件test-2.Rnw保存在Paper目录中：
\documentclass{article}
\begin{document}
<<setup,echo=FALSE>>=
opts_knit$set(root.dir="../Code/")
read_chunk("../Code/testit.py")
@
<<testit,engine='python'>>=
@
\end{document}
输出：
## /Users/blah/foo/bar/Paper
root.dir在这里没有像R块那样明显的效果，我不知道还有什么可以尝试更改Python块的目录。这是一个问题，因为我希望python脚本对Code目录中的文件进行操作，但当然它找不到它们。我可以在python脚本中硬编码目录更改，但这似乎很脆弱。我甚至很高兴将根目录直接传递给python解释器作为脚本的参数，这是可能的（但我不这么认为，因为knitr使用python -c？）。有关如何处理这个问题的任何想法？我的google-fu在这里失败了......