Question

嘿我正在更新我的脚本，我现在已经将os更改为子进程，但我不知道如何检查输出？我想检查它是空的还是它的内容。脚本只是执行其他程序或句子列表。

"""
Created on Sun Jan  8 18:52:57 2017

@author: MarcGrad
"""
import sys
import subprocess


syntax = '''
------------------------------------------------------------------------------------
Syntax:        python find_by_sentence.py *file1.txt
*List of sentences (column of) 
------------------------------------------------------------------------------------
'''
if len(sys.argv) != 1:
        print(syntax)
        sys.exit()

open_file = open(sys.argv[1],'r')

list_of_sentences = []

for sent in open_file:
    list_of_sentences.append(sent.rstrip())
counter = 0
for word in list_of_sentences:
    counter += 1
    print(counter,word)
    subprocess.check_output("esearch -db protein -query %s | efetch -format fasta >> results_seq.txt" % (word), shell = True)

print('done :)')    
open_file.close()

Answer 1

当你启动一个过程时，它会自动打开3个文件描述符（你可以在单向通信通道上看它）：

STDIN - 用于来自用户的输入（例如，在输入密码到SSH时使用）
STDOUT - 用作应用程序标准输出的文本（例如在控制台上打印消息的频道）
STDERR - 与STDOUT相同，但用于错误消息。

您可以将输出（也是输入，但不适用于您的问题）重定向到文件（换句话说，您“断开”控制台并“连接”文件）。对于重定向，请指定这些符号：>和>>（有关详细信息，请查看https://unix.stackexchange.com/questions/171025/what-does-do-vs）。命令ls -l >> file.txt将写出ls -l的输出并在控制台上写任何内容（因为它是“断开连接”）

result = subprocess.check_output(...)接受命令并将其STDOUT“连接”到result变量中。但是您正在运行此命令：esearch -db protein -query %s | efetch -format fasta >> results_seq.txt如果您查看结尾，则会看到>> results_seq.txt。因此，您的命令输出已“连接”到文件results_seq.txt中，无法保存在result变量中。

现在您可以使用这些方法：

按原样运行命令，然后打开文件results_seq.txt并查看内容

subprocess.check_output("esearch -db protein -query %s | efetch -format fasta >> results_seq.txt" % (word), shell = True)
with open("results_seq.txt", "r") as f:
     result = f.read()

不要在命令中使用重定向并将其保存在Python中：

result = subprocess.check_output("esearch -db protein -query %s | efetch -format fasta" % (word), shell = True)
with open("results_seq.txt", "wb") as f:
     f.write(result)

使用tee实用程序允许将输出重定向到文件并将其保留在控制台上

result = subprocess.check_output("esearch -db protein -query %s | efetch -format fasta | tee -a results_seq.txt" % (word), shell = True)

在任何这些示例的末尾，您将保存保存在变量result

检查子进程python3的输出

1 个答案: