R命令行参数的optparse错误

时间:2017-07-20 22:44:15

标签: r optparse

出于某种原因,此脚本中的optparse用法会中断:

test.R

#!/usr/bin/env Rscript
library("optparse")

option_list <- list(
    make_option(c("-n", "--name"), type="character", default=FALSE,
                dest="report_name", help="A different name to use for the file"),
    make_option(c("-h", "--height"), type="numeric", default=12,
                dest = "plot_height", help="Height for plot [default %default]",
                metavar="plot_height"),
    make_option(c("-w", "--width"), type="numeric", default=10,
                dest = "plot_width", help="Width for plot [default %default]",
                metavar="plot_width")
)

opt <- parse_args(OptionParser(option_list=option_list), positional_arguments = TRUE)
print(opt)

report_name <- opt$options$report_name
plot_height <- opt$options$plot_height
plot_width <- opt$options$plot_width

input_dir <- opt$args[1] # input directory

我收到此错误:

    $ ./test.R --name "report1" --height 42 --width 12 foo
Error in getopt(spec = spec, opt = args) :
  redundant short names for flags (column 2).
Calls: parse_args -> getopt
Execution halted

但是,如果我从此行中删除"-h"

make_option(c("--height"), type="numeric", default=12,
                    dest = "plot_height", help="Height for plot [default %default]"

似乎工作正常;

$ ./test.R --name "report1" --height 42 --width 12 foo
$options
$options$report_name
[1] "report1"

$options$plot_height
[1] 42

$options$plot_width
[1] 12

$options$help
[1] FALSE


$args
[1] "foo"

任何想法可能会在这里发生什么?

我使用的是R 3.3.0和optparse_1.3.2getopt_1.20.0

1 个答案:

答案 0 :(得分:5)

-h标志由optparse保留(它被描述为optparse的一个特性,不在getopt中,from the getopt.R source file on Github):

  

在optopt中实现的一些功能在getopt:

中不可用      

2。遇到“-h”时自动生成帮助选项并打印帮助文本

因此,当用户指定-h时,标志唯一性的sanity check将失败。然而,issue tracker似乎没有提到为此案例创建更好的错误消息的必要性。

最后,请注意,optparse似乎正在调用getopt,因为它们具有相同的作者。