Question

我试图通过命令行将多个文件路径参数传递给Rscript，然后可以使用参数解析器进行处理。最终我会想要这样的东西

Rscript test.R --inputfiles fileA.txt fileB.txt fileC.txt --printvar yes --size 10 --anotheroption helloworld -- etc...

通过命令行传递，并在解析时将结果作为R中的数组

args$inputfiles =  "fileA.txt", "fileB.txt", "fileC.txt"

我尝试了几种解析器，包括optparse和getopt，但它们似乎都不支持这种功能。我知道argparse确实如此，但它目前不适用于R版本2.15.2

有什么想法吗？

由于

Answer 1

虽然在提出这个问题时CRAN上没有发布它，但argparse模块的测试版现在可以实现。它基本上是一个相同名称的流行python模块的包装器，因此您需要安装最新版本的python才能使用它。有关详细信息，请参阅安装说明基本示例包括一个任意长的数字列表，这些数字应该不难修改，因此您可以获取任意长的输入文件列表。

> install.packages("argparse")
> library("argparse")
> example("ArgumentParser")

Answer 2

在脚本test.R的前面，你把它放在：

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

hh <- paste(unlist(args),collapse=' ')
listoptions <- unlist(strsplit(hh,'--'))[-1]
options.args <- sapply(listoptions,function(x){
         unlist(strsplit(x, ' '))[-1]
        })
options.names <- sapply(listoptions,function(x){
  option <-  unlist(strsplit(x, ' '))[1]
})
names(options.args) <- unlist(options.names)
print(options.args)

得到：

$inputfiles
[1] "fileA.txt" "fileB.txt" "fileC.txt"

$printvar
[1] "yes"

$size
[1] "10"

$anotheroption
[1] "helloworld"

Answer 3

在搜索并避免自下而上编写新包之后，我认为使用包optparse输入多个参数的最佳方法是将输入文件与一个字符分开，该字符很可能被包含在一个字符中。文件名（例如冒号）

Rscript test.R --inputfiles fileA.txt:fileB.txt:fileC.txt etc...

文件名也可以在其中包含空格，只要空格被转义（optparse会处理这个）

Rscript test.R --inputfiles file\ A.txt:file\ B.txt:fileC.txt etc...

Ultimatley，如果有一个软件包（可能是optparse的修改版本）可以支持多个参数，如问题及下面提到的那样

Rscript test.R --inputfiles fileA.txt fileB.txt fileC.txt

人们会认为这些微不足道的功能将被实现到一个广泛使用的包中，例如optparse

干杯

Answer 4

如果输入参数是相同长度的列表，那么@ agstudy的解决方案无法正常工作。默认情况下，sapply会将相同长度的输入折叠为矩阵而不是列表。修复很简单，只需在解析参数的sapply中将simplify简化为false。

args <- commandArgs(trailingOnly = TRUE)

hh <- paste(unlist(args),collapse=' ')
listoptions <- unlist(strsplit(hh,'--'))[-1]
options.args <- sapply(listoptions,function(x){
         unlist(strsplit(x, ' '))[-1]
        }, simplify=FALSE)
options.names <- sapply(listoptions,function(x){
  option <-  unlist(strsplit(x, ' '))[1]
})
names(options.args) <- unlist(options.names)
print(options.args)

Answer 5

您描述命令行选项的方式与大多数人期望使用它们的方式不同。通常，命令行选项将采用单个参数，而没有先前选项的参数将作为参数传递。如果一个参数需要多个项目（比如文件列表），我建议使用strsplit（）解析字符串。

以下是使用optparse的示例：

library (optparse)
option_list <- list ( make_option (c("-f","--filelist"),default="blah.txt", 
                                   help="comma separated list of files (default %default)")
                     )

parser <-OptionParser(option_list=option_list)
arguments <- parse_args (parser, positional_arguments=TRUE)
opt <- arguments$options
args <- arguments$args

myfilelist <- strsplit(opt$filelist, ",")

print (myfilelist)
print (args)

以下是几个示例运行：

$ Rscript blah.r -h
Usage: blah.r [options]


Options:
    -f FILELIST, --filelist=FILELIST
        comma separated list of files (default blah.txt)

    -h, --help
        Show this help message and exit


$ Rscript blah.r -f hello.txt
[[1]]
[1] "hello.txt"

character(0)
$ Rscript blah.r -f hello.txt world.txt
[[1]]
[1] "hello.txt"

[1] "world.txt"
$ Rscript blah.r -f hello.txt,world.txt another_argument and_another
[[1]]
[1] "hello.txt" "world.txt"

[1] "another_argument" "and_another"
$ Rscript blah.r an_argument -f hello.txt,world.txt,blah another_argument and_another
[[1]]
[1] "hello.txt" "world.txt" "blah"     

[1] "an_argument"      "another_argument" "and_another"

请注意，对于strsplit，您可以使用正则表达式来确定分隔符。我会建议类似下面的内容，它可以让你用逗号或冒号分隔你的列表：

myfilelist <- strsplit (opt$filelist,"[,:]")

在R中通过命令行传递多个参数

5 个答案: