install.packages中的警告：软件包'igraph'的安装具有非零退出状态

Question

我想从BioConductor安装phyloseq。当我这样做，并尝试加载它时，我得到一个关于igraph的错误（即使我将依赖项设置为TRUE）。我已经尝试独立安装igraph，这也是行不通的，退出状态非零。

我正在使用RStudio

R版本3.4.0（2017-04-21）
平台：x86_64-apple-darwin15.6.0（64位）
运行于：OS X El Capitan 10.11.6

有没有人有任何建议？错误粘贴在下面。

感谢您的帮助！

这是我的命令：

install.packages("phyloseq", dependencies = TRUE)

这是警告：

install.packages中的警告：

  

依赖'igraph'不可用

这里我尝试加载我想要的包：library("phyloseq")

以下是警告：错误：

  

loadNamespace(j <- i[[1L]], c(lib.loc, .libPaths()), versionCheck = vI[[j]])中的'phyloseq'的

包或命名空间加载失败。没有名为'igraph'的包裹

我尝试直接安装igraph：install.packages("igraph", dependencies = TRUE)

以下是编译失败：

  

错误：软件包'graph'的编译失败警告在install.packages中：installation of package ‘igraph’ had non-zero exit status

Answer 1

打开一个新终端并输入：

xcode-select --install