Question

当我尝试安装软件包rjags时，我收到以下致命错误：

install.packages("rjags")
Installing package into ‘/home/marco/.rkward/library’
(as ‘lib’ is unspecified)
--- Please select a CRAN mirror for use in this session ---
trying URL 'http://mirrors.softliste.de/cran/src/contrib/rjags_3-15.tar.gz'
Content type 'application/x-gzip' length 66879 bytes (65 KB)
==================================================
downloaded 65 KB

* installing *source* package ‘rjags’ ...
** package ‘rjags’ successfully unpacked and MD5 sums checked
checking for prefix by checking for jags... no
configure: error: "Location of JAGS headers not defined. Use configure arg '--with-jags-include' or environment variable 'JAGS_INCLUDE'"
ERROR: configuration failed for package ‘rjags’
* removing ‘/home/marco/.rkward/library/rjags’

The downloaded source packages are in
    ‘/tmp/RtmpditLat/downloaded_packages’
Warning message:
In install.packages("rjags") :
  installation of package ‘rjags’ had non-zero exit status

显然，第一条错误消息是

configure：error：“未定义JAGS标头的位置。使用configure arg' - with-jags-include'或环境变量'JAGS_INCLUDE'”

我该如何解决这个问题？

Answer 1

如最高评论所述，您需要在系统中安装JAGS（Just Another Gibbs Sampler）。由于你正在使用Ubuntu 14.04，正在运行

sudo apt-get install jags

应该足够了。但是，如果您在另一个发行版中（或者由于某种原因，上面的代码对您不起作用），最好知道如何从源代码中获取JAGS：

访问http://mcmc-jags.sourceforge.net/
在“下载”下查找正确的版本。例如，Fedora用户应该查看http://download.opensuse.org/repositories/home:/cornell_vrdc/
不要忘记下载基础版本和开发版本。

安装成功后，您可以返回R（无论如何都可以在整个过程中保持打开状态）并安装所需的软件包。

Answer 2

对我来说，首先，我使用终端安装jags：

sudo apt-get install jags

然后

install.packages("rjags")

错误消失了。

Answer 3

1）如有必要，下载并安装R（https://www.r-project.org/）以及潜在的R的用户界面，例如R Studio（请参阅此处以获取有关R入门的提示）。 2）根据操作系统要求下载并安装JAGS。（http://mcmc-jags.sourceforge.net/） 3）安装其他R软件包：例如，在R install.packages（“ rjags”）中。特别是，我使用包rjags与JAGS和coda进行接口以处理MCMC输出。

包'rjags'的安装具有非零退出状态

3 个答案: