Question

预警，问题可能更多是因为缺乏对bsub命令和登录shell的理解而不是python的Popen()。

我正在尝试使用subprocess.Popen()

在python脚本中提交LSF脚本

pipe = subprocess.Popen(shlex.split("bsub < script.lsf"),
                        stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

似乎正在启动子进程并执行了命令，但是我在bsub命令的stderr中收到错误，该命令显示为“空作业。作业未提交。”

我担心这与子进程启动login-shell有关，所以我尝试在Popen命令中使用shell=True来缓解它。

pipe = subprocess.Popen("bsub < script.lsf", shell=True,
                        stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

这成功按预期提交作业。所以我的问题是如何在不使用shell=True的情况下提交此作业？

我尝试使用一些bsub options，例如

pipe = subprocess.Popen(shlex.split("bsub -L /bin/sh < script.lsf"),
                        stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE)

使用相同的“空作业。作业未提交”。错误返回。我觉得这很接近我正在寻找的东西，但我还没有完全理解“登录shell的名称（必须指定绝对路径）是完全正确的。也许它不是系统上的/bin/sh我我正在使用。有没有办法打印这条路？

Answer 1

<和>不是你的命令的参数（在这种情况下是bsub），但是指示shell关于stdin或stdout（分别）应该在那之前指向的地方命令已启动。

因此，适当的替换是使用单独的参数指定此重定向Popen：

pipe = subprocess.Popen(['bsub', '-L', '/bin/sh'],
                        stdout=subprocess.PIPE, stderr=subprocess.PIPE,
                        stdin=open('script.lsf', 'r'))

通过python的subprocess.Popen（）提交LSF脚本，不带shell = True

1 个答案: