可以在Snakefile中覆盖的默认内存请求？

Question

我有一个包含多个规则的Snakefile，只有少数规则需要超过1 GB /核才能在群集上运行。 resources指令对此非常有用，但我找不到设置默认值的方法。我不希望为每个不需要超过默认值的规则编写resources: mem_per_cpu = 1024。

我意识到我可以使用cluster config file中的__default__获取我想要的内容，并覆盖特定规则的mem_per_cpu值。我不愿意这样做是因为内存要求与平台无关，所以我宁愿将它们包含在Snakefile本身中。它还会阻止我使用--resources命令行选项指定本地资源限制。

Snakemake是否有一个简单的解决方案可以帮助我？谢谢！

Answer 1

我正在阅读Snakemake的changelog，偶然发现了这一点：

  

添加–default-resources标志，该标志允许定义默认资源   有关作业（例如mem_mb，disk_mb）的信息，请参阅文档。