Question

我正在尝试用Rcpp创建一个R包。

我想导出的主要代码是C ++，但它依赖于其他C ++和C脚本。

我的项目如下：

├── DESCRIPTION
├── NAMESPACE
├── R
│   └── RcppExports.R
├── README.md
├── Read-and-delete-me
├── inst
│   ├── include
│   │   ├── Generate_RQMC.hpp
│   │   ├── Get_seed.hpp
│   │   ├── HilbertCode.hpp
│   │   └── SamplePack
│   │       ├── DB_NX.h
│   │       ├── DB_ShiftNets.h
│   │       ├── DigitalNetsBase2.h
│   │       ├── Measurements.h
│   │       └── RadicalInversesBase2.h
│   └── libsqmc_main.a
├── man
│   └── RSQMC-package.Rd
└── src
    ├── Makevars
    ├── RSQMC.so
    ├── RcppExports.cpp
    ├── RcppExports.o
    ├── SQMC.cpp
    ├── SQMC.o
    └── libqmc
        ├── Generate_RQMC.cpp
        ├── Generate_RQMC.o
        ├── Get_seed.cpp
        ├── Get_seed.o
        ├── HilbertCode.cpp
        ├── HilbertCode.o
        └── SamplePack
            ├── DigitalNetsBase2.C
            ├── Measurements.C
            ├── dn2dpro.C
            ├── dnmeasure.C
            ├── ricapdisc.C
            ├── rimeasure.C
            ├── rivis.C
            └── tparam.C

其中 libsqmc.so 是对文件夹 R_Functions 中的所有脚本进行分组的共享库。

在main.cpp文件中，我想从Generate_RQMC.hpp中调用一个函数，所以我在脚本的开头添加了以下行：

#include "SQMC_scripts/R_Functions/include/Generate_RQMC.hpp"

当我跑步时

R CMD build RSQMC

我收到以下错误：

dyn.load中的错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象＆＃39; /private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so'： dlopen（/private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so,6）：找不到符号：__ Z16 MyFunction iii 参考自：/private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so 预计在：平面命名空间在/private/var/folders/37/vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn/T/RtmpybFnDv/Rinst2f1e7114fbd2/RSQMC/libs/RSQMC.so 错误：加载失败执行停止错误：加载失败 *删除'/ private / var / folders / 37 / vpwyrl2j2bxdj91kh9fktzk00000gn / T / RtmpybFnDv / Rinst2f1e7114fbd2 / RSQMC'

MyFunction是我试图在Generate_RQMC.hpp的主文件中调用的函数。

我通过添加-I＆＃34; ... / src / SQMC_scripts / include＆＃34;修改了Makevars。到PKG_LIBS，但它不会改变任何东西。

我正在使用macOS Sierra 10.12.5，R 3.3.2和Rcpp 0.12.11。

更新

我修改了现在看起来像这样的Makevars：

CXX_STD = CXX11

SOURCES=$(wildcard SQMC_scripts/*.cpp SQMC_scripts/*/*.C)

OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)

PKG_CXXFLAGS = -I".../RSQMC/src/" 

PKG_LIBS = $(SHLIB_OPENMP_CFLAGS) $(LAPACK_LIBS) $(BLAS_LIBS) $(FLIBS)

all: $(SHLIB)

$(OBJECTS): clean

clean:  @rm -f $(OBJECTS)

但是我仍然有同样的错误（对于SQMC_scripts文件夹中定义的不同类和函数），例如：

未找到符号：__ ZN19DigitalNetGeneratorC1E4_dgtj

DigitalNetGenerator是C文件DigitalNetsBase2中定义的类。

更新2

由于无外套，我终于成功了。回答这个repository。

这是我的Makevars文件，如果它对其他人有任何帮助：

$(info The compilation root directory is: $(ROOT_DIR))                          
$(info The name of the shared library to be created is: $(SHLIB))               

CXX_STD = CXX11
PKG_CPPFLAGS= -Dlibqmc_core_shared_EXPORTS -I../inst -I../inst/include
PKG_LIBS= -L../inst -lsqmc_main -lgsl -lCGAL -lgslcblas
LIBS= -L./ -L../inst

SOURCES_C = ./libqmc/SamplePack/DigitalNetsBase2.C ./libqmc/SamplePack/dn2dpro.C ./libqmc/SamplePack/dnmeasure.C ./libqmc/SamplePack/Measurements.C ./libqmc/SamplePack/ricapdisc.C ./libqmc/SamplePack/rimeasure.C ./libqmc/SamplePack/rivis.C  ./libqmc/SamplePack/tparam.C

SOURCES_CPP= ./libqmc/Generate_RQMC.cpp ./libqmc/Get_seed.cpp ./libqmc/HilbertCode.cpp

OBJECTS = SQMC.o RcppExports.o $(SOURCES_CPP:.cpp=.o) $(SOURCES_C:.c=.o)

#all: $(SHLIB)

all: $(SHLIB) ../inst/libsqmc_main.a

$(SHLIB): $(OBJECTS) ../inst/libsqmc_main.a 

../inst/libsqmc_main.a: $(OBJECTS)
    ar -rvs ../inst/libsqmc_main.a $(OBJECTS)

Answer 1

在Section 1.1.5: Package subdirectories的Writing R Extensions中介绍了包子目录是一个有趣的主题。不幸的是，它留下了一点点。所以，这个问题有点......实际上，我有一个与Rcpp Attribute use in subfolders相关的类似变体。（剧透：不能使用src/子文件夹中的属性...）

不幸的是，对src目录中的文件夹执行此操作的唯一方法是修改Makevars文件，如Section 1.2.1: Using Makevars中Writing R Extensions的后半部分所示。

所以，有些东西：

SOURCES=$(wildcard subfolder/*.cpp subfolder2/*.cpp)

OBJECTS = toplevelsrcfile.o RcppExports.o $(SOURCES:.cpp=.o)

PKG_CPPFLAGS=-I.

all: $(SHLIB)

clean:
    @rm -f $(OBJECTS)

应该工作......

请注意，在您的情况下，toplevelsrcfile.o应为SQMC.o。

不确定symbols.rds中src/的原因虽然......

Answer 2

您需要首先进入src/的子目录并编译您包含的代码，可能是一个静态库（或只是一堆.o个文件），然后您可以从{{{{ 1}}。

有一些软件包可以做到这一点，但我无法想到一个伟大的或规范的参考。我倾向于选择外部库。

作为替代方案，您可以将所有C ++文件放入src/Makevars，R将采用构建。您可能需要调整文件中的src/路径。

Rcpp包创建符号未找到错误

2 个答案: