Question

通过Rcpp.package.skeleton使用默认的hello world程序我有时会在安装时遇到此错误。

dyn.load中的错误（文件，DLLpath = DLLpath，...）：无法加载共享对象'/home/usrname/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.0/helloWorld/libs/helloWorld.so'：/ home / usrname / R / x86_64-pc-linux-gnu-library /3.0/helloWorld/libs/helloWorld.so: undefined symbol：_ZTIN4Rcpp7RObjectE。

有时候我的意思是，在大约10次尝试中只有一次它在第一次安装时得到了该错误，尽管最终经过一些调整后每个包最终都会出错，即使所有更改都从代码中删除了所有删除了.o，.so和tar文件，并且在R中卸载了库，该包将不再生成。

我的最终目标是使用-lz编译选项将一些zlib函数包含到某些代码中，所以当我对hello_world说'some tweaks'时，它们将是：
1.将-lz添加到Makevars的PKG_LIBS var中 2.将#include添加到.cpp文件中 3.创建一个const char * a
4.尝试使用a来调用gzopen（a，a）

我的流程是
1.在R中：Rcpp.package.skeleton（“testPackage”，属性= TRUE）
2.在终端：R CMD构建testPackage
3.在终端：R CMD INSTALL testPackage

最后一次测试，我编译好了，我添加了-lz并且没关系，然后我添加了#include并且我得到了错误。我删除它仍然得到错误。

所以：
1.有谁知道导致此错误的原因是什么？
2.是否需要修复它以便重新安装恢复的代码？
3.如果没有，是否有另一种方法可以将zlib构建到代码中（sourceCpp似乎工作正常）。

我在Ubuntu 12.04.2 LTS上 R版3.01
Rcpp_0.10.3

用解决方案更新：
在编辑Makevars时，我无意中在变量周围添加了一组额外的引号：
PKG_LIBS =“$/usr/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()" -lz”
包含zlib的正确方法是将-lz附加到行：
PKG_LIBS = $/usr/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()" -lz
一旦你收到错误，如果你试图将Makevars恢复到正确的格式，你仍然会继续在安装时得到错误。而且有时候（我的测试运行的2/6）它将会安装错误，以便稍后在将zlib函数包含或添加到代码中时弹出。

Answer 1

我的RcppCNPy包使用zlib。它使用

 PKG_LIBS = `$(R_HOME)/bin/Rscript -e "Rcpp:::LdFlags()"` -lz

并且代码为

cnpy::NpyArray cnpy::npy_gzload(std::string fname) {
    gzFile fp = gzopen(fname.c_str(), "rb");
    if(!fp) {
        Rf_error("npy_gzload: Error! Unable to open file %s!\n",fname.c_str());
    }
    NpyArray arr = gzload_the_npy_file(fp);
    gzclose(fp);
    return arr;
}

也许这可以作为你的榜样。

RCPP错误：包安装时未定义的符号：_ZTIN4Rcpp7RObjectE

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