为绘图中的选定社区指定颜色

Question

在情节中，我需要为两个特定社区着色。采取以下数据框：

    A   B   C   D   E   F   G
A   0   1   0   1   0   1   0
B   1   0   1   1   0   1   0
C   0   1   0   0   0   0   0
D   1   1   0   0   1   1   0
E   0   0   0   1   0   1   0
F   1   1   0   1   1   0   1
G   0   0   0   0   0   1   0

ob <- read.csv("...ties.csv",sep = ",", header = TRUE, row.names = 1)
m <- as.matrix(ob)
g <- graph.adjacency(m, mode="undirected", weighted = T, add.rownames = T)

首先，我使用edge.betweenness检测我的图表g的社区（com）：

com <- edge.betweenness.community(g)
V(g)$memb <- com$membership

此操作产生了许多社区，com [[1]]，com [[2]]等。我使用以下代码绘制结果图 - 每个社区一种颜色 - ：

plot(g, vertex.color=membership(com))

现在，我如何只为两个选定的社区着色，比如com [[1]]和com [[2]]，保持其余节点的同质性？

Answer 1

我不得不调整你的邻接矩阵，以便超过1个社区出现。

library(igraph)
ob <- read.table(text="
    A   B   C   D   E   F   G
A   0   1   0   1   0   1   0
B   1   0   1   1   0   1   0
C   0   0   0   0   0   0   0
D   1   1   0   0   1   0   0
E   0   0   0   1   0   1   1
F   0   1   0   0   1   0   1
G   0   0   0   0   1   1   0", header=TRUE)

m <- as.matrix(ob)
g <- graph.adjacency(m, mode="undirected", weighted = T, add.rownames = T)
com <- edge.betweenness.community(g)
V(g)$memb <- com$membership

cols <- membership(com)  
cols[cols!=3] <- 1

plot(g, vertex.color=cols)