将vcf文件转换为onemap文件,错误说无法找到vcf2raw函数

时间:2017-07-06 10:52:35

标签: r bioconductor

我用它来将vcf文件转换为onemap文件。我收到了一个错误

  

无法找到vcf2raw函数。

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")
biocLite("Rsamtools")
library(Rsamtools)

zipped_vcf <- bgzip("file.vcf", "file.vcf.gz")
idx <- indexTabix("file.vcf.gz", "vcf")

vcf2raw(input = "file.vcf.gz", output = "file.raw", cross = "outcross", parent1 = "A", parent2 = "B")

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