Question

我有一个与循环函数有关的问题，我已经定义了一个类似的函数：

FUN <- function(directory=dir, permutations=perm){

# Create directory
dir.create(file.path(getwd(), directory), showWarnings=FALSE)
mypath <- file.path(getwd(), directory)

require('plyr')
scores.v2 <- read.delim('scores.txt', stringsAsFactors=F)

unif.score <- function(b) {
    rand.score <- runif(length(b))
    new.score <- sort(rand.score/sum(rand.score), decreasing=T)
    new.score
}

for (n in 1:permutations){

#  Suffle gene_names in column genes
scores.v2[,2] <- sample(scores.v2[,2])

# Assign new scores according to the uniform distribution
scores.v2 <- ddply(scores.v2, "Locus", transform, Score=unif.score(Score))

# Order data.frame based on Locus and Score
scores.v2 <- scores.v2[order(scores.v2[,1],-scores.v2[,5]),]
return(scores.v2)
   }
}

当我执行函数FUN("permuted", 2)时，我收到错误Error: could not find function "unif.score"。我可以在运行unif.score之前解决声明FUN的问题，但我想了解此错误消息的行为，我认为它可能与环境有关，但我不确定，

非常感谢

scores.txt的外观示例：

 Locus    Gene Link.score Semantic.score      Score
1   ABO     DBH 0.13924316     0.07621951 0.10773133
2   ABO    TSC1 0.00827303     0.18384146 0.09605725
3   ABO   SARDH 0.13924316     0.04573171 0.09248743
4   ABO C9orf96 0.13924316     0.03506098 0.08715207
5   ABO  SLC2A6         NA     0.16859756 0.08429878
6   ABO  RALGDS 0.13924316     0.02195122 0.08059719

Answer 1

这与范围和ddply查找函数和变量的位置有关。这就是添加函数here的原因（我认为在2012年）。使用它应该有效：

scores.v2 <- ddply(scores.v2, "Locus", here(transform), Score = unif.score(Score))

错误：无法找到功能

1 个答案: