使用现有的R应用程序/包可视化协作网络结构

Question

我正在尝试想象一下＆＃34;合资企业＆＃34;的关系数据结构。 （即，公司与产品中的其他公司合作）。例如，公司i可能参与合资公司A与公司j，但公司我也参与合资公司B与公司j和公司k等，所以公司i，j，k都共享某种合作会员关系（{i，j}，{i，j，k}），但公司{i，j}之间合作的力度强于公司{i，k}，因为公司i和j合作更多联合风险。

我想在这些标志性的网络图中将其可视化，但强调不同对偶（公司）之间的关系强度。我想到的一个相关例子是Mark Newman在PNAS（Newman 2004）中的共同作者研究，在图6中，每对节点（即作者）通过不同厚度的边连接，代表每对作者之间共同作者强度的强度（即两者之间的协作作品数量），如下图所示：

我已经查看了一些与R＆'s igraph和二分包有关的先前帖子（例如this one），但不认为二分网络及其应用符合我的目的。

我想知道（1）是否有任何现有的R包/应用程序可以帮助可视化网络中每个节点之间的连接强度，以及（2）这种类型的数据结构应该如何看待喜欢？ （使用＆＃39;公司＆＃39;，＆＃39;项目＆＃39;作为列或行？）

谢谢。

Answer 1

正如@ R.B所说，您可以使用visNetwork库。发明数据的代码可能如下所示：

library(igraph)
library(visNetwork)

set.seed(98765)   # for reproducibility
### generate some data, 
### nodes are entitities: letters represent contributors
nodes <- data.frame(id = 1:11, 
                    label = LETTERS[1:11],  # name of node
                    title = LETTERS[1:11])  # optional tooltip
### edges represent relations 
edges <- data.frame(
  from = sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  to =  sample(1:11, 50, replace = TRUE),
  arrows = "",
  width = c(rep(1, 20), rep(4, 20), rep(6,6), rep(10, 3), 15)  ## weights
)


visNetwork(nodes, edges, width = "100%") %>%
  visIgraphLayout(layout = "layout_in_circle") %>%
  visNodes(size = 25) %>%
  visOptions(highlightNearest = list(enabled = F, hover = T) )

这将生成以下图表（以html交互）

请告诉我这是否是你想要的。