Question

我'更新'插入符号中的twoClassSummary函数，使用插入符函数包含阴性和阳性预测值：

testfun <- function (data, lev = NULL, model = NULL) 
{
  lvls <- levels(data$obs)
  if (length(lvls) > 2) 
    stop(paste("Your outcome has", length(lvls), "levels. The 
twoClassSummary() function isn't appropriate."))
  requireNamespaceQuietStop("ModelMetrics")
  if (!all(levels(data[, "pred"]) == lvls)) 
    stop("levels of observed and predicted data do not match")
  data$y = as.numeric(data$obs == lvls[2])
  rocAUC <- ModelMetrics::auc(ifelse(data$obs == lev[2], 0, 
                                     1), data[, lvls[1]])
  out <- c(rocAUC, sensitivity(data[, "pred"], data[, "obs"], lev[1]), 
                   specificity(data[, "pred"], data[, "obs"], lev[2]),
                   # next 3 lines are my additions and modifications
                   negPredValue(data[, "obs"], data[, "pred"], lev[2]),
                   posPredValue(data[, "obs"], data[, "pred"], lev[1]))
  names(out) <- c("ROC", "Sens", "Spec", "NPV", "PPV")
  out
}

然后我的trainControl功能：

train_control <- trainControl(method = 'repeatedcv', 
                              number = 10, repeats = 3,
                              summaryFunction = testfun,
                              classProbs = T,
                              savePredictions = T)

然后我的模型功能：

modelSvm <- train(target ~ ., data = twoClassData, trControl = train_control, method = 'svmRadial')

问题是当我运行此功能时，我收到错误 ctrl $ summaryFunction中的错误（testOutput，lev，method）：找不到函数“requireNamespaceQuietStop”

即使我没有改变这部分功能。

如果我输入

twoClassSummary

在控制台中，

environment：namespace：caret

在函数定义之后，

出现（在＆lt;＆gt;标志之间），我相信这是我的问题的根源。

1）如何在函数中将R指向此环境？和 2）准确性不是预定义的插入符函数，有关如何将准确性工作到此代码的任何建议？

提前致谢....

Answer 1

该功能未由caret导出，因此请改用caret::: requireNamespaceQuietStop（或使用已使用的library）。

requireNamespaceQuietStop导致自定义summaryFunction插入符中的错误

1 个答案: