使用GEOquery检索文件的注释

Question

我想使用GEOquery检索文件的注释。我读到的一种方法是使用fData（），所以：

geoFile<-getGEO("GSE99511")
fData(geoFile)

但后来我收到了错误：

Error in (function (classes, fdef, mtable)  : 
  unable to find an inherited method for function ‘fData’ for signature ‘"list"’

有什么建议吗？

Answer 1

编辑：如果你想要＆＃34;注释文件名＆＃34; （大概是GPL平台），正确的方法是annotation()。

错误告诉您问题：geoFile是一个列表，fData需要其他类型的对象。 ?fData会告诉你它的期望。

如果您输入names(geoFile)，您可能会看到：

[1] "GSE99511_series_matrix.txt.gz"

如果您键入str(geoFile)或更高版本，请安装并加载dplyr，然后glimpse(geoFile)，您将看到该对象的结构。

所有这些都告诉您需要将列表geoFile的第一个元素提供给fData：

head(fData(geoFile$GSE99511_series_matrix.txt.gz))

并且您想要使用head()或glimpse()，否则会有数千行打印到终端。