Question

＆＃39;

require(readxl)
head(gene) <- read_excel("Desktop/test2/practiceversion.xlsx")
head(listofnames) <- read.delim("Documents/t2g_clean.txt")
listofnames_1 <- listofnames[,1]
listofnames_2 <- listofnames[,2]
realgenename <- listofnames[,3]
gene_name <- gene[,2]
isoform <-gene[,3]

＆＃39;

 require(dplyr)
listofnames %>% 
  filter( listofnames_1 %in% gene_name | listofnames_2 %in% gene_name ) %>%
  select(listofnames) %>%
  write.tsv(., "Documents/list.txt", sep="\t", quote = FALSE)

我正在尝试将一个列表中的单词与另一个列表中的单词进行比较，并输出该单词所在的第二个列表中的行。我知道在python中我可以使用单词＆＃34; word＆＃34;和＆＃34; LST＆＃34;但我无法进入。我怎么解决这个问题？

Answer 1

我根据你的评论制作了一个虚假的data.frame：

gene_name <- letters[seq(1,20,3)]
listofnames <- data.frame( id1 = rep(letters[1:10],2),
                           id2 = rep(letters[11:20],2),
                           value = 1:20 )

我将使用dplyr包，您可以使用install.packages("dplyr")安装，然后使用library(dplyr)加载。这是代码块：

library(dplyr)

listofnames %>% 
filter( id1 %in% gene_name | id2 %in% gene_name ) %>%
select(value) %>%
write.tsv(., "Documents/list.txt", sep="\t", quote = FALSE)

这将从listofnames，filter行开始，这些行符合条件id1 %in% gene_name | id2 %in% gene_name，select只有value列，write.tsv结果

匹配两个列表并在第二个列表中给出输出字

1 个答案: