R igraph：按列内容颜色顶点

Question

我正在使用igraph从SQL Server绘制图形。我提供3列表作为输入：

from   to     color
Node1  NodeA  red
Node1  NodeB  green
Node1  NodeC  blue
Node2  NodeD  red
Node2  NodeE  green

My R脚本如下所示：

require(igraph)
g <- graph.data.frame(graphdf)
V(g)$label.cex <- 2
png(filename = "'+@outputFile+'", height = 3000, width = 3000, res = 100);
plot(g, vertex.label.family = "sans", vertex.size = 5)
dev.off()

绘图的边缘将显示所需的颜色，但顶点本身不会 - 理想情况下，我希望'to'顶点是'color'列中指示的颜色。我不关心'来自颜色（它可以是默认的橙色）。

我尝试添加此（和变体）：

V(g)$color <- graphdf[V(g), 3]

在png行之前，但是会产生看似随机的顶点颜色。

Answer 1

这取决于您创建graphdf的方式。列是字符串还是因素？我将展示两种情况的解决方案。

graphdf包含字符串

library(igraph)

## Create data 
graphdf = read.table(text="from   to     color
Node1  NodeA  red
Node1  NodeB  green
Node1  NodeC  blue
Node2  NodeD  red
Node2  NodeE  green",
header=TRUE, stringsAsFactors=FALSE)
g <- graph.data.frame(graphdf)

我会将所有节点都设为橙色，然后调整目标节点的颜色。

## Make default color orange
V(g)$color = "orange"
V(g)[graphdf$to]$color = graphdf$color

graphdf包含因子

更麻烦的情况是你是否允许所有字符串成为因素。唯一的区别是，您必须在使用时将as.character应用于所有因素。

graphdf = read.table(text="from   to     color
Node1  NodeA  red
Node1  NodeB  green
Node1  NodeC  blue
Node2  NodeD  red
Node2  NodeE  green",
header=TRUE)
g <- graph.data.frame(graphdf)

V(g)$color = "orange"
V(g)[as.character(graphdf$to)]$color = as.character(graphdf$color)
plot(g)