Question

我正在通过一系列分析运行for循环。对于其中一些测试，glmer会返回一条警告消息（复制如下）。我想不保存这些网站的p值或参数估计值。我想这会是一个带有类似if no warning, then print beta/p-value to tests的伪代码的if语句，但我无法弄清楚如何实现它。任何建议将不胜感激！

警告信息：
  在checkConv（attr（opt，“derivs”）中，选择$ par，ctrl = control $ checkConv，：
  模型无法与max | grad |收敛= 0.00778865（tol = 0.001，组分1）

for (i in 1:10000) {
  test <- glmer(cbind(mcounts[i,], counts[i,] - mcounts[i,]) ~ pred + (1 |indiv), family = binomial)
  summary(test)$coefficients[2,4] -> tests[i,2]
  summary(test)$coefficients[2,1] -> tests[i,1]
}

Answer 1

对于它的价值，这些是警告，而不是错误（老派R的人往往对这种区别挑剔：我相应地编辑了你的问题，你可以如果您愿意，请回滚更改）。您可以按照@ RichardTelford的建议（在上面的评论中），但是如果不是将所有警告升级为错误，您将获得更高的精度，您只升级渐变收敛警告（您还可以选择调整容差）这次检查）。

为了可读性和健壮性，我稍微修改了你的代码（例如，通过名称而不是位置来引用你想要的系数表的组件）。

 gcontrol <- glmerControl(check.conv.grad = .makeCC("error", tol = 2e-3))
 for (i in 1:10000) {
     test <- try(glmer(cbind(mcounts[i,], counts[i,] - mcounts[i,]) ~ 
                pred + (1 |indiv), family = binomial,
                control=gcontrol
                ))
     if (inherits(test,"try-error")) next ## if error skip to next iteration
     cc <- coef(summary(test))
     tests[i,] <- cc["pred",c("Estimate","Pr(>|z|)")]    
}

确保在开始之前用tests值填充NA结构：然后您可以轻松查看哪些测试失败，并将结果仅删除成功测试（例如{{1} }}）。

可能值得一读na.omit(as.data.frame(tests))：我可能会将不良收敛的容忍度设置得稍高一些（例如0.02）。

如果有警告，请不要将p值/系数保存在glmer中

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