3D Numpy阵列到ITK SNAP

时间：2017-06-06 02:29:32

标签： numpy itk

如何将3D Numpy数组转换为适合文件格式的医疗数据视频，该格式兼容ITK-SNAP应用程序进行手动分割？

2 个答案:

答案 0 :(得分：0)

PyBuffer应该是该转换的首选类。它是Module_BridgeNumPy的一部分，需要在ITK的CMake配置步骤中启用。如果您想使用SimpleITK，this应该有所帮助。一旦你有一个正常的itk :: Image，你可以使用许多支持formats之一将其写入磁盘。

答案 1 :(得分：0)

您可以在Paraview中导入3d numpy数组。 然后将其导出为与ITKSnap兼容的NIH，nifti或分析文件

paraview

  1. 将3d数组保存到vtr文件。您可以按照此链接的说明进行操作。 https://www.kaggle.com/ironbar/saving ...
  2. 使用Paraview打开文件
  3. 对数据应用不同的阈值，具体取决于问题的数量和范围。
  4. 对阈值应用不同的颜色和不透明度
  5. 可视化

获得正确的文件格式后，可以将其加载到ITKSnap

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