ggplot2：设置为log10轴时为什么显示错误的值？

Question

我使用stat_summary来显示平均值，并根据我的计算，＆＃34; type1，G - ＆＃34;应该有~10 ^ 7.3的平均值。这就是我在没有log10轴的情况下绘制它的价值。但是当我添加log10轴时，突然＆＃34; type1，G - ＆＃34;显示值10 ^ 6.5。

发生了什么？

#Data
Type = rep(c("type1", "type2"), each = 6)
Gen = rep(rep(c("G-", "G+"), each = 3), 2)
A = c(4.98E+05, 5.09E+05, 1.03E+05, 3.08E+05, 5.07E+03, 4.22E+04, 6.52E+05,     2.51E+04, 8.66E+05, 8.10E+04, 6.50E+06, 1.64E+06)
B = c(6.76E+07, 3.25E+07, 1.11E+07, 2.34E+06, 4.10E+04, 1.20E+06, 7.50E+07, 1.65E+05, 9.52E+06, 5.92E+06, 3.11E+08, 1.93E+08)
df = melt(data.frame(Type, Gen, A, B))

#Correct, non-log10 version ("type1 G-" has a value over 1e+07)
ggplot(data = df, aes(x =Type,y = value)) +
  stat_summary(fun.y="mean",geom="bar",position="dodge",aes(fill=Gen))+
  scale_x_discrete(limits=c("type1"))+
  coord_cartesian(ylim=c(10^7,10^7.5))


#Incorrect, log10 version ("type1 G-" has a value under 1e+07)
ggplot(data = df, aes(x =Type,y = value)) +
  stat_summary(fun.y="mean",geom="bar",position="dodge",aes(fill=Gen))+
  scale_y_log10()

Answer 1

你想要coord_trans。正如其文档所述：

# The difference between transforming the scales and
# transforming the coordinate system is that scale
# transformation occurs BEFORE statistics, and coordinate
# transformation afterwards.

但是，你不能用这个制作条形图，因为条形从0开始并且没有定义log10（0）。但是，无论如何，条形图通常都不是一个好的可视化。

ggplot(data = df, aes(x =Type,y = value)) +
  stat_summary(fun.y="mean",geom="point",position="identity",aes(color=Gen))+
  coord_trans(y = "log10", limy = c(1e5, 1e8)) +
  scale_y_continuous(breaks = 10^(5:8))

显然你应该绘制某种不确定性信息。我推荐一个盒子图。