SQL查询结果不准确反映AMIGO2网站搜索

时间:2017-05-25 22:59:50

标签: python mysql bioinformatics

我正在利用MySQLdb模块来处理我的sql请求。我正在尝试按列表theNames中的编程方式执行我的所有搜索。但经过调试,我发现我的大部分搜索都没有显示在GO网站上。我尝试在每个白色间隔的术语之前/之后/之前和之后附加通配符%,但是没有用。我的问题的一个例子是:

def queryGO(theNames):
    # db connect
    db = MySQLdb.connect(host="mysql-amigo.ebi.ac.uk", user="go_select", passwd="amigo", db="go_latest", port=4085)
    cur = db.cursor()

    # query calls

    sql = "SELECT * FROM term WHERE (name='queuine tRNA-ribosyltransferase%')"
    # query term name directly
    cur.execute(sql)

    for term in cur.fetchall():
        print(term)

    # query term synonyms
    sql2 = "SELECT * FROM term INNER JOIN term_synonym ON (term.id=term_synonym.term_id)\
     WHERE term_synonym LIKE 'queuine tRNA-ribosyltransferase%'"

    cur.execute(sql2)
    for term2 in cur.fetchall():
        print(term2)

    db.close()

不会返回任何结果。但是在网站上:AMIGO2 search确实会返回一些内容。查询中可以看到另一个类似的例子:“%o-methyl transferase%”及其各自的搜索:AMIGO2 search 2

0 个答案:

没有答案