根据基因座标签ID获取序列 - SnakeMake

时间:2017-05-23 10:03:13

标签: python snakemake

我希望在StackOverflow指南中允许这种类型的编程问题,否则如果我错了请纠正我!

我一直致力于生产具有生物信息学功能的snakemake工作流程。我现在拥有的文件是一个包含各种locus标签的文本文件。我需要从这些locus标签中获取序列。我一直在研究snakemake的文档,但仍无法找到基于locus标签和有机体检索序列的libary的正确功能......我现在的代码:

rule get_id:
    input:
        a="RNA-Seq-counts.txt"
    output:
        b="output.txt"
    shell:
        "python RetrieveFirstColumn.py {input} {output}"

output.txt的输出

lp_0001
lp_0002
lp_0004
lp_0005
lp_0009
lp_0010
lp_0011
lp_0012
lp_0013
lp_0014
lp_0015
lp_0016
lp_0017

0 个答案:

没有答案