使用biopython运行序列比对

Question

我有兴趣从biopython运行mafft。它工作正常（下面的代码）。

from Bio.Align.Applications import MafftCommandline
mafft_cline=MafftCommandline(input="file.fasta")
print(mafft_cline) 
stdout, stderr = mafft_cline()
output.write(stdout) 

但是我想添加基于第一个序列（参考序列）调整序列方向的附加参数。在文档中，我发现了这一点，但我不确定如何将其合并到我的代码中：

Mafft V6 beta功能

_Switch(["--adjustdirection", "adjustdirection"], 
"Adjust direction according to the first sequence. " 
"Default off."), 
# Adjust direction according to the first sequence 
# for highly diverged data; very slow 
# Mafft V6 beta function 
_Switch(["--adjustdirectionaccurately", "adjustdirectionaccurately"], 
"Adjust direction according to the first sequence," 
"for highly diverged data; very slow" 
"Default off."), 

我试过了几件事     mafft_cline = MafftCommandline（input =“file.fasta”， - adjustdirection） 但它又出现了错误。

谢谢！

Answer 1

您可以通过设置adjustdirection的{​​{1}}属性来执行此操作。默认情况下，它是mafft_cline。

False

我们现在看到>> from Bio.Align.Applications import MafftCommandline >> mafft_cline = MafftCommandline(input="file.fasta") >> print(mafft_cline.adjustdirection) False >> mafft_cline.adjustdirection = True 开关已添加到命令行。

--adjustdirection